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[Amber] 求助amber在加热时报错Error: an illegal memory access was encountered

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在加热的时候遇到报错,Error: an illegal memory access was encountered launching kernel kNLSkinTest

查看了能量的最小化的结果发现配体和hem的结构不对了,请问这要怎么解决



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发表于 Post on 2025-4-12 01:24:58 | 只看该作者 Only view this author
这种极小概率是程序bug,大概率是力场参数、成键关系没弄对
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-15 15:08:08 | 只看该作者 Only view this author
我不太清楚我这样描述是不是正确,清楚的:这是我用MCPB.py尝试去做带有O的heme的p450蛋白配体的amber动力学模拟,贴子里的是一个模型,在加热时报错;下面这张是我弄的另一个模型在tleap后没加水的结构,截图来自于与DS,这些看起来奇怪的点我认为是正常的,是因为DS展示的问题,接着往下做动力学模拟,从对接结果开始进行建模到动力学模拟的流程这两个模型没有区别,但是第二个模型就没有报错。sob老师也提到了大概率是力场参数、成键关系没弄对,我猜测是初始结构有点问题,第二张图就是报错模型的对接结果(仅展示部分),是不是由于配体右边那部分与heme的距离什么的有问题,才导致在全局的能量最小化的时候出问题

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