CP2K计算后的结果怎么使用mIGM进行弱相互作用分析

轻舟~

如附件中提到的计算后的结果文件，想知道怎样才能使用mIGM进行弱相互作用分析，已经按照Multiwfn给的手册中的4.20.12节设置了片段，但是无论是设置两个片段还是四个片段，都无法顺利设置网格间距，是我定义错了片段吗还是输入文件有问题，我把.pob、.mol、.inp都尝试了一遍，都没有办法顺利设置网格间距

sobereva

没有叫.pob的东西
自觉交代在Multiwfn里都输入了什么，Multiwfn更新日期是什么

轻舟~

sobereva 发表于 2025-4-12 11:06
没有叫.pob的东西
自觉交代在Multiwfn里都输入了什么，Multiwfn更新日期是什么

比如我把频率计算之后带有结构信息的.mol文件载入Multiwfn(计算时没有专门在.inp文件里写生成&PRINT &MOLDEN_VIB &END MOLDEN_VIB &END PRINT字段，因为我发现按照社长给的生成输入文件的方法，最新版本的Multiwfn会在.inp文件的最后自动写入这一字段，所以就在计算之后直接拿.mol文件来用了，不知道对不对)，.mol文件已经在第二行添加晶胞信息，然后在载入完成后输入20进入弱相互作用可视化研究功能，选择-10 mIGM;这时观察研究物质的原子编号，如下方的图片所示（此功能也是利用Multiwfn实现）发现一共有4个分子，从图中可以清晰的看到不同的分子的原子标号，在这里我记了一下，暂时将晶胞分为4段，片那1的原子索引是1-14，片段2的原子索引是15-28，片段三的原子索引是29-42，片段四的原子索引是43-56.确定这些后，在HOW many fragments will be defined? e.g. 3提示界面输入4，表示要定义4个片段，接下来依次输入1-14，回车；15-28，回车；29-42，回车；43-56（感觉最后一步输入c也可以，都一样），回车；然后在下方图片中可以看到，这里并没有出现Multiwfn_3.8_dev.pdf手册里4.20.12 Using mIGM to study weak interactions里提到的4  // Manually input grid spacing 手动输入网格间距选项，由于手册里给的例子只有这一个，而我个人也只是这几天粗浅的得知Multiwfn有mIGM这个功能，具体的实现步骤离开例子就有些迷惑，所以特来请教，上午确实有点着急，把结构优化产生的.pdb文件误写成.pob文件了，给老师造成了困惑，另外Multiwfn均是在今天重新下载的，是4月5号最新版，另帖子中提到的.mol文件在上午传的晶胞频率计算文件夹中

对了，cp2k计算均采用PBE-D3BJ/6-311G**进行计算

sobereva

轻舟~ 发表于 2025-4-12 20:35
比如我把频率计算之后带有结构信息的.mol文件载入Multiwfn(计算时没有专门在.inp文件里写生成&PRINT &MOL ...

上传图片方式不对，别人看不到。仔细看置顶的社员必读贴
你也没提供你改过的.mol文件。用振动分析产生的mol文件完全莫名其妙，直接用CP2K优化任务给出的restart文件当Multiwfn输入文件多好，坐标也有晶胞信息也有。

当前下文里根本没说过“.mol文件在第二行添加晶胞信息”这种奇怪的操作。下文里说的记录波函数信息的.molden文件和振动分析产生的.mol文件完全不是一码事
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）
详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件
http://sobereva.com/651（http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html）

把做mIGM分析和CP2K的振动分析任务搅合在一起着实匪夷所思。

对周期性体系的mIGM的操作和下文里提到的IGMH官方教程里的周期性体系的情况相同，唯一区别是选IGMH功能改成选mIGM，并且输入文件不需要有波函数信息
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621（http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html）

轻舟~

好的，图片已修改，能看到了，多谢老师，确实是我自己想当然了，具体实现流程我明白了