公社群聊Q&A整理：2017.01.02 08 ~ 2017.01.22 01 Mark

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-3-13 16:10:38

本帖由 @978142355 整理

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2017.01.02 07:36:42
Q:
----deleted----
A:
不得在群内发广告，记严重违规一次，下次再发立即踢
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2017.01.02 08:57:23
Q:
[图片] 请问这种在0.01左右的spike应该如何解释呢，说成是比较弱的电性作用么？但是出现的都是对称的，谢谢大家。
谢谢 ,这个博文我看过，但是没有找到0.01左右或者与之有关的内容，可以再具体说说么？谢谢。[图片][图片]
A:
基本就是色散作用，带一点静电吸引成分
Q:
可是这个+0.01附近也有个spike 图形上没看到有位阻的地方。
谢谢sob
A:
[图片]
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2017.01.02 20:15:40
Q:
请问大家，我一个８水合的镧系离子优化，总是SCF不收敛，请问怎么办呢？水合离子对初猜结构要求很严格吗？这是用的关键词，　H2O用的aug-cc-pvtz, 镧系用的def2tzvp
opt freq bp86/genecp scrf=(solvent=water) int=ultrafine empiricaldispersion=gd3bj
A:
镧系SDD
水6-311G**
足矣
ultrafine此时并没多大卵用
用HF成份更高的泛函收敛几率还稍微大一些
优化时候甭用D3BJ，用D3
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2017.01.02 21:08:15
Q:
北京海思煜人科技发展有限公司的培训靠谱不？课题组一个老师问我
A:
照这个判断
辨别虚假坑钱科研培训的关键九点
http://sobereva.com/339
估计又是骗子培训通知发到他们那里了
Q:
好的，谢谢sob
A:
这种骗子公司据我所知的就有三家，名字都是四个字的
Q:
是的，前天下午收到的邮件
A:
到处偷偷摸摸发邮件
搞科研的都应当有些基本的防骗能力
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2017.01.02 22:39:31
Q:
sob老师请教一个问题学生在做RDG分析看了您的帖子用phenoldimer.wfn这个计算的，选择的原子需要时1和14，但是我现在的分子中有很多对儿原子要进行RDG图形的显示，应该如何指定呢？还有个问题就是最后一定要VMD显示图像吗？直接使用Mutiwfn输出的图形放在文章中可以吗？
A:
VMD的效果好很多，显示速度更快，而且可以显示填色效果
要研究哪两个原子之间的相互作用，可以就选哪两个原子，以它们的中点定义盒子中心。让盒子不大不小能框住要考察的弱相互作用区域的设定是最理想的，不至于其它地方碍事，又不至于计算耗时过多
用VMD显示极为容易，把cub文件拷过去，在VMD里敲一条命令就绘制出来了
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2017.01.02 23:22:21
Q:
[图片]老师，请问这个值是什么值啊？
我现在手里只有徐光宪的基本原理，我翻了很久，好像没有。
A:
甭看徐光宪那本，白费时间，要从头慢慢学起就看Levine的。这种基础问题在科音的量子化学培训班里也都讲
这就是自旋平方算符的期望值
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2017.01.03 00:00:53
Q:
Sob 老师
Shermo程序里对电子配分函数的处理“本程序不考虑电子的热激发，配分函数就是电子基态的简并度”
我不明白这样做的理由，请问有什么文献可以学习一下吗
谢谢老师
A:
电子激发能数量级往往比较大，一般研究的温度下基本不可能将电子热激发到激发态上去（除非个例，确实基态与激发态电子能级能量相差很小），所以可以当做电子激发对热力学性质没有贡献
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2017.01.03 00:58:35
Q:
Sob老师，我用Multiwfn做分子生成密度差积分值还有图，图都是统一的标度，图中pi-hole区域颜色相差不是很大，可是算着区域的积分值就相差了10倍，这是怎么回事呢[图片]
A:
对比盆的大小，看看盆的大小是否相差很大
另外，当前色彩刻度下不容易区分这部分差异来，可以把色彩刻度上下限设窄一些让这部分色彩变化更明显来便于比较
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2017.01.03 01:04:12
Q:
请问一下老师，在计算过渡态能垒时，过渡态能量读取的是吉布斯自由能还是需要相应的计算公式换算？
A:
自由能
Q:
[图片]应该是此处最后一个吧？
A:
y
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2017.01.03 02:22:47
Q:
sob老师请教一个问题，如何用Mutiwfn计算一个体系内某一个原子的电荷贡献
A:
意义不明。
如果你要得到原子带的电子数，计算原子电荷（方法很多，看群共享里《原子电荷计算方法的对比》），减去核电荷后再取绝对值就是。
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2017.01.03 03:20:29
Q:
E(TD-HF/TD-KS) ，老师做紫外时得到的KS指什么
A:
激发态的能量
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2017.01.03 03:20:31
Q:
[图片][图片]老师，我的irc出来一个平台，说明这还有一个过渡态吗还是这就是一个中间体？
A:
没什么特殊的，IRC出现肩峰很正常，不是TS也不是极小点
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2017.01.03 03:38:50
Q:
各位老师，请你们帮我看一下我这个作业计算是否是合适的，它是正常结束的，但是缺少四个YES
我这个是算激发态
请问一下我要算激发寿命，我该怎么算呢，
我感觉看着那个手册上说的有点乱，理不清楚
A:
这里写着Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
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2017.01.03 03:59:00
Q:
请问有没有方便的拟合力场参数的工具？
A:
ForceFit：J Comput Chem 31: 2307–2316, 2010
paramfit：DOI: 10.1002/jcc.23775
如果拟合参数主要目的是计算凝聚相热力学性质，参考https://simtk.org/projects/forcebalance
Q:
谢谢老师！主要想用于计算流体的热力学和动力学性质，Forcefit是不是必须得用Gaussian或者NWChem？
A:
没试过，看看原文
Q:
看手册是只有这两款软件的使用，但实验室目前只有vasp
A:
做你这种目的的研究，必须会用至少一种像样的量化程序
Q:
老师说的是
A:
VASP这种程序很难派上用场
Q:
实验室只买了vasp，剩下的都是免费的软件
老师有没有推荐的免费量化软件？
A:
首推ORCA
虽然没高斯好用，但在免费程序里是最好用的
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2017.01.03 04:13:24
Q:
老师，你们有零基础培训班吗？
A:
有啊
上一届信息
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4645&extra=page%3D1
明年上半年会有第二届科音量子化学初级班
刚才口误，不是明年上半年，是今年上半年
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2017.01.03 04:28:50
Q:
Sob老师，我想问一下。我算分子生成密度差，体系为三体A+B1+B2，我想看A和B1之间密度差积分值，我在用Multiwfn输入[图片]时，输入三个A-wfn，B1-wfn，B2-wfn。还是两个A-wfn和B1-B2-wfn呢。我分别用这两种方法算了一遍，输入三种的积分值是-0.3747，输入两种积分值是-0.0667.用哪个呢
A:
这取决于你想怎么研究密度差，具体对应什么过程
如果要研究三聚过程的密度差就用前者，如果研究A和B1-B2片段形成复合物的密度差就用后者
Q:
哦哦，我明白这个，可是为什么数值相差这么大呢
快10倍了
A:
看等值面图分析
不看图只会被蒙在鼓里
Q:
[图片]你说得是这种类型的吧
观察一下线条密度
A:
[图片]
isosurface map rather than contour line map
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2017.01.03 04:36:30
Q:
老师，fch文件在哪能找到，需要加关键词吗
把chk拖到高斯里就无响应了/撇嘴
A:
[图片]
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2017.01.03 04:43:51
Q:
sob老师, 刚开始接触Multiwfn. 在看manual, 想生成.wfn文件. 教程里面是在windows下生成.wfn文件.
请教.wfn文件在linux下如何生成?
主要问题是, 写输入文件的时候, 最后一行怎么写?
A:
/home/sob/llss.wfn
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2017.01.03 05:04:52
Q:
打扰大家了，请问使用VMD程序算得RMSD的值，请问VMD是处理数据的还是计算数据的？因为文章里算了RMSD,需要写吗？谢谢大家了
A:
可处理可计算
写不写无所谓，毕竟这点事不值得一提
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2017.01.03 05:30:26
Q:
我记得sob老师专门发过一张图片，即搞应用性计算的人应阅读的书籍。我现在没有搜到这个ppt，请问各位前辈、老师谁手里有这张图片，麻烦大家了。
A:
[图片]
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2017.01.03 06:03:12
Q:
麻烦问下：我想几何优化，然后计算核磁。我写的这条语句为什么不能实现呢？#T rhf/6-31g(d) NMR//rhf/6-31g(d) test
A:
//不是用在这种地方的
Q:
这两个过程可以一步到位吗
A:
不要偷懒
不能
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2017.01.03 17:23:38
Q:
厉害的了word哥，现在都朝着牛刊发了@计算化学噶兵
[图片]老师这个过渡态结构中，红圈内应该是个四元环，我想考察过渡态中的RDG，结果是这样的，本来H和两个C的距离还是比较长（约1.43埃）的，VMD却显示连在了一起。老师这样的过渡态适合考察RDG么？我正在尝试AIM分析@Sobereva
你是说中间体做个RDG？看看复合物中的弱相互作用？
我的中间体当中倒是有π氢键
A:
这种近距离相互作用已经不是弱相互作用的范畴了，最好用ELF讨论，AIM也可以，参看这里的例子
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
如果用RDG分析，则必须把settings.ini里的RDG_maxrho设为0不让程序对密度做截断
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2017.01.03 17:23:49
Q:
请教各位老师，大家认为淘汰下来的服务器（硬件没坏）可以装Windows 哪个版本的系统呢？要求是能运行Gaussian View 谢谢各位
A:
win7 64bit
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2017.01.03 17:44:36
Q:
老师，请问这种图是怎么画出来的？在Multiwfn手册中没有找到，请老师们指导，多谢 [图片]
我搜了ELF，没有看到文献中的这种
A:
不可能没找到。手册4.4节一大把作平面图的例子，这里也有
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
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2017.01.03 18:02:55
Q:
各位老师，我用#p opt=(ts,cartesian,notrust,noeigen) b3lyp/6-311++g(d,p) scrf=(solven
t=water) int=ultrafine进行过渡态搜索时老出现l9999问题，[图片]，能量趋于平稳[图片]，这样的话，我应该加个maxcycle=300这样的关键词还是？谢谢
A:
用gdiis或减小步长上限
[图片]
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2017.01.03 19:11:35
Q:
分子中各原子对最高占据轨道的贡献怎么算的？
A:
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
“跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介”这篇和你的问题没直接关系
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2017.01.03 19:27:29
Q:
老师，请问我在反应物周围加若干个共吸附的H2O之后，是否还能再加隐式溶剂模型考虑远处的H2O对体系的影响？
A:
能。而且这样最好
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2017.01.03 19:37:28
Q:
请教大家一个问题，用VMD画的图保存成bmp格式后，保存后画的空间位阻图片变成灰色的了，我想要彩色的，怎么弄？[图片]我这个没保存之前是彩色的，保存后边灰色的了。第一次用vmd,所以不知道怎么弄。
A:
如果直接在VMD里看到的是正常的彩色图，直接截图就完了。用渲染器渲染后总是这样
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2017.01.03 22:00:29
Q:
[图片](a) Plane-averaged differential charge density Δρ(z) (red) and the
amount of transferred charge ΔQ(z) along the normal direction of the surface (blue). The inset shows the variation of charges per phosphorus atom
with the interlayer distance h. A negative value signifies a gain of electrons in phosphorus atom. 这个蓝线的电荷量怎么得到呢？
用vasp计算谢谢
忠诚老师
Δρ(z) *z 对z积分这个在origin怎么实现呢
谢谢
[图片]
是不是先把A*G得到然后积分呢？
A是z轴
G是Δρ(z)
好的
A:
作那个图，你把VASP的格点数据转化成cube文件，在Multiwfn里用主功能13对它们相减得到密度差，然后直接就能用Multiwfn作积分曲线，看手册4.13.6节的例子
效果类似这样
[图片]
[图片]
Q:
我都撤回了，老师。不好意思/冷汗
A:
密度差用立方格点积分（基于密度差格点数据）就已经很准确了，毕竟没有像积分电子密度那样在原子核附近有数值变化很sharp的情况
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2017.01.03 23:19:25
Q:
老师您好，请问这是怎么回事啊?[图片][图片]
A:
别写一堆恶心的关键词
# IRC=calcfc B3LYP/genecp
就完了，出什么错到时候再贴出来
垃圾关键词写得越多越容易出错
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2017.01.03 23:26:49
Q:
毛毛撤回了一条消息
毛毛撤回了一条消息
毛毛撤回了一条消息
请问sob老师，高斯里可以计算mp4吗?@Sobereva
A:
可以，不要一个问题发四遍
Q:
[图片]你撤销不掉的
社长的版本看得到撤回
/惊讶
A:
看不到撤回
国际版没多余的功能
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2017.01.03 23:34:18
Q:
[图片]
这台机子二手值得了多少钱呀
A:
4核E5 v1的CPU值不了几个钱
Q:
一颗600[图片]
这么便宜！
A:
8核的v1还有点使用价值
Q:
真是不值钱呀！600块还没买两瓶试剂的钱多呢
我想怂恿小老板买台机子搁办公室，准备这两天去跟他谈谈[表情]
A:
整机我看也就三千左右，前提还是得有人愿意收
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2017.01.04 00:06:58
Q:
[图片] 各位老师，我用QST2方法找到一个过渡态，然后做了IRC，出来这样的结果，是不是说明我找的不是过渡态？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.01.04 00:12:17
Q:
[图片]
#p opt freq m062x/6-311g(d) scrf=(smd,solvent=chloroform)
这样一个简单的有机分子，优化却一直不收敛，不知为何@Sobereva
[图片] 这是能量，之前也尝试优化过很多次，包括换泛函，都不能成功收敛
A:
判断出对称性没有？
Q:
[图片]sob老师，是这个吗？
A:
y
判断不对时对于高对称体系很难收敛
Q:
恩，你的意见是我用高对称性试试？
C3或者更高？
A:
实际是什么对称性就gv里搞成什么对称性
Q:
实际肯定是高对称的，我试试，谢谢SOB
那路径上需不需要加什么关键字，让他一直限制在高对称下计算？
A:
gview里做对称化，不是关键词的词
gview里做对称化，不是关键词的事
Q:
这个知道，我的问题是，优化过程是否一直限制这个对称性不变？否则，我的经验是可能优化到第二个点对称性就降了
A:
你不用弥散的话，并且更保险点用int=ultrafine，自发下降的可能性不大。
M062X、SMD比起B3LYP、IEFPCM更容易因为数值计算精度问题而对称性下降
Q:
晓得了，谢谢！
A:
用限制性开壳层完全莫名其妙，SCF不收敛是自找的
[图片]
[图片]
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2017.01.04 00:13:24
Q:
使用multiwfn软件,用双描述符寻找反应位点,具体操作哪里有呀?
A:
手册4.5.4节
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2017.01.04 01:05:17
Q:
[图片]老师，这个期刊怎么样？
A:
这种期刊和国内SCI水准半斤八两
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2017.01.04 03:55:25
Q:
请教老师，用GV做静电势图的时候，选Results-Surfaces/Contours。点Cube Actions-New Cube，计算出来的cube 我怎么导出来呢？老师有关于对于大分子在服务器计算的帖子吗？再或者如果用Mutiwfn 怎么计算静电势的cube 呢？谢谢老师
A:
[图片]
显然，你只载入一个cube文件，就只能看这个cube文件的等值面。除非你载入多套cube文件，才能把一个的数值通过颜色映射到另一个等值面上去
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2017.01.17 00:33:24
Q:
老师，您好，我在利用multiwfn软件学习Color-filled map of electron density的绘制，遇到了一个问题，就是不论怎么调整color scale的范围图中的C和N原子出始终是白色的，怎么让这两个原子电子云密度也能变成红色而不是始终显示白色
[图片]
A:
避免不了。电子密度在核附近数值太高。除非你把内核电子给去掉。
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2017.01.17 01:03:34
Q:
老师，我可不可以理解为m062x/TZVP比CCSD(T)/cc-pVTZ计算出的NBO更准确？
这就是说CCSD(T) 方法NBO分析的结果其实就是HF NBO分析的结果么?
师兄，这样说的话m062x的NBO就要比CCSD(T) 准确很多是吧？
A:
就是HF NBO分析的结果
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2017.01.17 17:12:22
Q:
用antechamber生成的水的范得华参数为什么和tip3p差很多
[图片]
这是生成的,查了TIP3P水的参数是 3.1506A 0.6364kJ/mol
A:
TIP3P这些水模型的参数都是专门调出来的，肯定比基于GAFF普适性的参数要好，差别肯定也较大
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2017.01.17 18:49:27
Q:
各位老师请教个问题我想在用cubegen生成cube的格点精度更高，看了高斯说明书上面说-2代表coarse，-3代表medium，但是不知道如何设置，请各位老师指点！谢谢啦
A:
用Multiwfn主功能5产生格点数据和cube文件，屏幕上提示得极清楚，比cubegen快得多得多
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2017.01.17 19:00:16
Q:
请教个问题HF-RESP charges和DFT-RESP charges这个区别在哪儿？
非常感谢
也就是HF和DFT方法计算resp电荷有什么差别？
李老师回答下我的问题吧
谢谢李老师
大家谁回答我的问题里，@我下，在此拜谢，这么久了等不到了
单三态能量差是什么意思？
A:
拟合静电势用的密度不同，HF和DFT级别，相差很明显。HF会高估极性
Q:
那么那个更准确一点呢？
非常感谢老师的解答
A:
关键看你使用场合。如果是凝聚相模拟，而且用不可极化力场，B3LYP结合隐式溶剂模型是最佳选择。
----------------------------------------------------
2017.01.17 19:10:40
Q:
[图片]，这里的ForceFCCalc是写在readFCHT要求的那一行吗？但是写在那里之后提示我文件打不开。。
A:
末尾空一行写
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2017.01.17 20:12:24
Q:
A:
通知：一直到本月20日，群主忙于讲授北京科音gromacs培训班的课程，没时间回复问题。请大家互相帮助。需要直接问群主的等20号之后再问，期间一切at皆无视。请相互转告
----------------------------------------------------
2017.01.17 20:29:03
Q:
谢谢老师，我就是想看看在外层价电子密度
A:
用主功能6，选择34，把内层轨道占据数清零，之后再照常作图即可
这点在手册4.6.2节有例子
----------------------------------------------------
2017.01.17 21:04:54
Q:
[图片]
请问这个图是怎么画的？
A:
如果会画一个，就举一反三，把另一个分子的那些文件也导入到VMD里进行同样的设置即可
[图片]
Q:
需要对二聚体和两个分子分别得到fch或wfn？
A:
对二聚体的两个分子分别得到fch或wfn或wfx或molden
Q:
[图片]刚画了个二聚体的
----------------------------------------------------
2017.01.17 21:50:25
Q:
anharmonic frequency 怎么算，请问一下？
A:
freq=anharmonic
Q:
许兵撤回了一条消息
A:
确定没读错数据？
Q:
请问下，我加了freq=anharmonic，跟只用freq,算出来的频率就是小数点后面的差别，看文献人家都差几十个，不知哪里错了？
没有啊
A:
截个图
读的哪里
----------------------------------------------------
2017.01.17 22:15:44
Q:
三重态的分子做激发态计算的问题：out文件输出了跃迁对应的轨道的编号，比如126----130, 但没说明这个126是α类型的轨道还是β类型的呀，该怎么办
求Sob指导
A:
闭壳层计算就不显示A、B
参考态是开壳层的才区分
Q:
还没没懂，我的多重度是3，不就是开壳层么
A:
你若设0 3肯定会显示出A、B的
----------------------------------------------------
2017.01.17 23:16:17
Q:
请问Multiwfn说明书有中文吗？
/赞
A:
Multiwfn入门tips
http://sobereva.com/167
[图片]
Q:
谢谢社长！
但是还是没有母语看的快
A:
看得越多看得越快
Q:
好的谢谢两位大侠！
A:
比起四六级阅读理解简单N倍
----------------------------------------------------
2017.01.17 23:40:47
Q:
有人用dos模拟光电子谱吗？麻烦想问问怎么计算，谢谢了。
sob老师，您有没有相关帖子说如何模拟光电子谱的，我想学习下用DOS怎么模拟PES，可是就是学不会。也谢谢@哲远
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2527
Q:
谢谢sob老师，我看您在回复最后也提到，如果不涉及强度的话，可以用DOS近似光电子能谱，现在Multiwfn不知道能不能做呢。谢谢啦
A:
DOS绘制例子看手册4.10节
Q:
里面也有用DOS近似光电子能谱吗？
A:
直接当作光电子能谱
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2017.01.18 00:40:44
Q:
朋友们，能帮我下载一篇文献吗？有点着急
http://www.nature.com/nchem/journal/v4/n12/pdf/nchem.1518.pdf
doi:10.1038/nchem.1518
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享中的群规（含sci-hub用法）
Q:
谢谢，我加入不久不清楚群规，对不起
A:
以为我是吓唬人的
踢人的时候会把以前记录都掏出来
Q:
再也不会了！
A:
[图片]
Q:
[图片]先求助，网络可能不好，结果乱码的，才来这里的，下不为例！
A:
输验证码啊
Q:
哎，一直以为是乱码呢，不打扰大家了，不然罪加一等！
A:
用google翻译啊
----------------------------------------------------
2017.01.18 00:41:39
Q:
为啥 td 优化的时候把pbepbe删掉就可以正常计算用了pbepbe就会出现错误？？
A:
根本不是这个的事，别的地方写错了
Q:
删了pbepbe会默认用tdhf吧
A:
y
Q:
老师，但是真的把pbe去掉之后就算的很正常啊。
A:
贴关键词
Q:
[图片]
带上pebpbe就不行
A:
格式根本就不对
看此文
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
Q:
是啊
A:
td哪是写在那里的
Q:
td 放在哪里有什么影响呢？
A:
[图片]
Q:
[图片]
[图片]
加上pbepbe就会出现801错误
A:
甭用PBE，是很糟糕的算TDDFT的选择
若不是最新版本改成最新版本
看此文
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
Q:
请问老师直接用默认的方法可以吗
那种方法比较靠谱呢？
A:
默认就是HF，加了TD就是TDHF，严重高估激发能
哪种靠谱博文里已经说得很明白了
Q:
pbe0 和 pbepbe有什么区别呢？
我用pbe1pbe也会提示 l801错误怎么办
A:
写#P
scf=qc能不用就不用
Q:
如果不用scf=qc
也收敛不了[表情]
A:
那么多更好的办法非得用qc？
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2017.01.18 00:55:18
Q:
[图片]请问老师，计算有12个单体的复合物的相互作用能，这最后一项得到的是总的结合能而不是各个单体间的结合能吗？
A:
就是你定义的那些片段间的所有的相互作用能，看你怎么定义了
Q:
关键词是counterpoise=12
A:
就是总的
----------------------------------------------------
2017.01.18 00:55:52
Q:
请问那本levien的书最新版的中文是哪版？
A:
2
Q:
哦，但是原版已经到第七版本了对吧？
A:
y
Q:
内容相差很大不
A:
6、7间不大
第二版现在已毫无用处
----------------------------------------------------
2017.01.18 01:12:24
Q:
老师，那判断两个复合物的稳定性大小，应该比较的是它们总的相互作用能还是它们中各单体之间的？
A:
取决于你具体怎么定义稳定性。如果以完全散架的难易程度为标准，就看总的十二聚能。如果以某个单体掉下来为衡量，就看这个单体与其余部分的相互作用能
----------------------------------------------------
2017.01.18 01:15:53
Q:
老师，pbe38这个泛函是内置泛函还是算手动改变hf组成比率的啊
A:
Gaussian中非内置的理论方法和泛函的用法
http://sobereva.com/344
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2017.01.18 01:31:42
Q:
请教下amber中,二面角调整周期PN是什么意思呢,phase就是分子结构的平衡位置二面角吗.
E_tors = (PK/IDIVF)*(1+cos(PN*phi-PHASE))
pn是不是通过扫描一个二面角获得的呢,PN=3表示经历3π才回复到原来的数值吗
一般设置成2是不是就可以了
A:
[图片]
[图片]
----------------------------------------------------
2017.01.18 03:46:26
Q:
[图片] ，强制计算应该就是这样写的，但是[图片]会出现这个错误
A:
明显顺序反了
Q:
[图片]
我是按照博文上所说，ReadFCHT后续的关键词应该在分子坐标后
A:
看提示啊
明显把这个关键词当文件名了
Q:
所以老师的博文这块是写错了吗？
A:
一试不就知道了
----------------------------------------------------
2017.01.18 04:36:23
Q:
麻烦问下：为什么有的做几何优化用Guess=Mix？
A:
不是对称破缺计算就不要用
----------------------------------------------------
2017.01.18 07:14:36
Q:
这群是不能发广告的吧/发呆
A:
不能发
----------------------------------------------------
2017.01.18 07:27:11
Q:
[图片]
老师，我这个分子要算单点的话，那个方法和基组比较合适呀？
A:
M062X/def2TZVP
算不动就降到TZVP
Q:
嗯
谢谢老师
老师，能不能再推荐一个降一级的方法和基组呢？
A:
M062X/6-311G*
Q:
m062x和cc-pVDZ级别如何呢？
A:
荒唐
Q:
/衰
A:
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
----------------------------------------------------
2017.01.18 07:31:55
Q:
大博士，不是应该用PBE0吗？
A:
用PBE0还不如B3LYP
Q:
有机体系嘛
A:
不如B3LYP
Q:
这个体系属于后者？
[图片]
[图片]
A:
算单点，不是优化结构
而且优化结构比起B3LYP优势只是毫厘而已
----------------------------------------------------
2017.01.18 07:38:19
Q:
大博士，3月份的培训出来了没？
A:
没
确定了自然会在www.keinsci.com公布的
21日之前不回复任何问题
----------------------------------------------------
2017.01.19 04:48:59
Q:
[图片]
请问, 这个地方的ρb, 就是density of all electrons吗?
A:
y
Q:
thanks.
最近在学习aim和Multiwfn, 发现计算出来的density of all electrons不一致. 不知道怎么回事, 难道我找错了地方?
[图片][图片][图片]
Multiwfn计算出来的density of all electrons 0.2646, AIMall算出来的是0.2530.
A:
只要操作无误，Multiwfn是绝对正确的
----------------------------------------------------
2017.01.19 05:52:11
Q:
请问一下，gromacs中vdw选择PME算法，还需要长程色散校正吗
A:
不用
vdw不建议用PME
Q:
PME是计算静电相互作用的方法
A:
在LJ上也能用，但没这个必要
Q:
sob前辈您好！能不能请教一下：计算vdw该用什么算法呀？
A:
cutoff
----------------------------------------------------
2017.01.21 00:00:21
Q:
有老师知道怎么设置VMD的背景,一打开就是白色的吗.default
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.01.21 01:20:17
Q:
不是说有不同种磷脂吗，建模时候怎么指定建哪种？
A:
看你用什么方式建模。如果是用我写的genmixmem，你提供哪个磷脂的结构文件，建出来就是哪种磷脂的膜。如果是诸如charmm-gui，建什么自行选择
----------------------------------------------------
2017.01.21 02:39:34
Q:
那个抗衡离子可以用1.5M的K离子吗？我想研究高盐离子下的蛋白
A:
自行用-conc设成想要的盐浓度即可
Q:
谢谢。另外抗衡离子怎么改成钾离子呢？默认的是钠
----------------------------------------------------
2017.01.21 02:42:29
Q:
准备建离子液体的盒子
是不是按照水和乙醇那个例子？
A:
离子液体盒子可以用packmol建。
----------------------------------------------------
2017.01.21 16:28:35
Q:
Experimental confirmation of low surface energy in LiCoO2 and implications for lithium battery electrodes
文献求助
好吧
A:
违规已记录
[图片]
----------------------------------------------------
2017.01.21 17:28:40
Q:
现在的大虾都不太好，等着过完年再来
老师，有个问题想咨询一下。我之前看exploring 这这本书学习高斯，能进行SCF、优化和频率计算等基本任务，并使用multiwfn分析一些简单问题。但总感觉有一些基础理论、方法或操作没掌握。由于去年有考试，3月份毕设开题，参加不了初级班。打算直接参加今年的基础量化班。我知道自己一定会有很大收获，但不知道我这种情况在基础量化班上能跟上吗？
应该没什么问题，我也是几乎零基础参加的
A:
看悟性
Q:
[表情]
A:
人和人的差距很大，有些人给他讲了，手把手教了怎么做，过两天又忘了。有些人学一遍就能掌握
Q:
课上别有一点儿分神，老师讲的飞快。
内容很饱满
老师，您意思是说上课认真听，及时复习，记住您讲得内容，就基本可以了，是这个意思吗？
A:
可以直接参加基础班，但一次性把讲的全搞懂基本不可能，必须上完之后反复仔细看讲义至少3遍
Q:
我至少看了五六遍
好多东西才敢说记得牢靠
明白老师，请问在基础班上还有实际操作、演示环节吗？
A:
有演示，但没有时间让学员在机子上练习
Q:
@米豆豆，请问您参加的是2015年第一届基础量化班吗？
我师兄（现已毕业）参加过2015年第一届基础量化班，回来说收获巨大，但后来我看论坛，基础量化班内容好像有了很多变化（更丰富了），因此，想参加一下，夯实基础。之前，看了一年exploring，又看了一些思想家公社的帖子，也在本领域做过一些实际计算（简单吸附问题）。但还感觉总有一些问题需要到群里咨询，看文献做做事情总害怕有些东西考虑不到被别人质疑。因此，自己想夯实基础，进一步提高计算水平（如过渡态搜索等）。但害怕自己到时候跟不上，白瞎了机会。
听闻2016年量化基础班讲义多达300多页/惊讶
把每日英语晨读改成sob大大的讲义/斜眼笑
前辈，是3000页吧？
A:
大概1700页
Q:
面朝北，对着讲义大喊，sob大法好
A:
下一届是2000页出头
Q:
讲义每页6张PPT，算起来得300多页
/鼓掌基础班暑假能有吗
A:
暑假没打算
暑假预计是第三届multiwfn班
Q:
/偷笑可以开暑假班
老师，基础班大约会在什么时间？4月、5月还是其他？
A:
5月可能性较大
Q:
[表情]稿子定稿了没？
A:
一字未动
Q:
初级班和老师的给量化未入门新人的书哪个更靠近现在的时间？
感觉自己这句话表述很别扭，希望没有影响阅读。
[图片]
A:
显然是初级班
Q:
可以透露一下大概时间么，会长。正负1个月那样
期待社长的大作横空出世。
A:
书和初级班内容是互补的，没有取代关系
初级班在三月，书今年能上市就不错
Q:
动力学班就一天报满，所以现在我几乎每天都看一遍有没有基础班通知/抠鼻
老师，之后的动力学班会不会讲到反应力场，感觉资料好少。
A:
鉴于《用aRDG与空间分布函数方法分析分子间相互作用》没来及讲且幻灯片当中彩图较多，讲义黑白印刷可能看不明白，所以在群共享里上传了相应的幻灯片pdf版，有兴趣者可下载，但不要外传
另外，讲义里的内容一定反复看至少三遍。新人只学一遍只能掌握一丁点，反复复习才能有最大收获。
没讲的部分，在讲义上都有详细操作步骤，基本上每一步都有对应的命令，而且file文件包里都提供了相应的完整的输入输出文件，仔细看讲义，参考file里的文件，反复练习，肯定都能搞懂。反复搞不懂的可以在群里问
反应力场不在讲授内容计划之中
Q:
我看做反应力场的一般都使用LAMMPS
我觉得讲义写的足够可以了，各位可以对比下
基础量化班讲义至少看了十几遍
A:
[图片]
Q:
每次翻都有不同的感觉，还好量化基础还凑合，
哇，好详细啊，总结的好啊
相比之下，某些商业公司的讲义很空洞，如果不看输入文件，根本搞不懂
A:
手头有中科院和源资的gmx培训幻灯片，给我的感觉简直就是个草稿
Q:
看也有lammps的培训，但要有sob这样的透彻讲解就好了。
[表情]
商业公司没时间写的这么详细的
A:
都是随便找个博士讲讲，讲师就凑合应付一下事就走人了，哪肯花时间做幻灯片
Q:
[图片]
A:
甚至有的直接就拿网上外国人做的幻灯片来讲，自己做幻灯片都省了
Q:
那种培训骗钱
我感觉类似
骗钱的培训我也听过几次，哎
浪费了一万多
可以自己定义
YouTube上有各种软件的操作视频，听那种骗钱培训，直接翻q就能看到更好的了
[图片]
[图片]
免费的有个问题，就是好像有时间限制。
[图片]
[图片]
嗯，前面的都下载了。
[图片]
有的没字幕听不懂
顺便当作练习英语听力了
外国人很open，为何中国无？
[图片]
这方面教程少
好像有，但是花钱
我现在想学BOMD
教会了徒弟，饿死了师傅
可能是这个吧
老虎不会爬树？
上树的少
所以科音难得
真的难得
是啊
讲义这些东西，商业公司可能会分成至少三个培训，每个收费5000
A:
创腾
----------------------------------------------------
2017.01.21 17:32:02
Q:
我算是比较差的
A:
恩
Q:
根据讲义自己做也完全没问题
A:
很多问题再仔细复习一遍讲义就会了
[图片]
----------------------------------------------------
2017.01.21 17:50:27
Q:
sob老师差个白围脖
～(￣▽￣～)~
A:
早就有白围脖，和哈达一样
带着碍事
----------------------------------------------------
2017.01.21 17:53:44
Q:
老师，以前老版本的gromacs教程有NVT和NPT，这两部现在还有必要加嘛
A:
当前gmx也可以用NVT和NPT，用哪个看情况。诸如盒子里模拟纳米液滴那个体系，用NPT，一控压盒子就会立刻收缩，根本达不到目的。
而模拟诸如均相体系，盒子一开始设得比如太大，又不用空压，即使用NVT来做，模拟后就会发现盒子里面有空洞出现。
控压的目的是自动调节盒子大小。用了控温的前提下，用了控压就是NPT，不用就是NVT
----------------------------------------------------
2017.01.21 18:01:05
A:
反应力场不在讲授内容计划之中
Q:
老师，有没有反应力场的相关资料
A:
看其中的综述
[图片]
----------------------------------------------------
2017.01.21 18:11:52
Q:
不会量子点的建模，哪位老师可否讲一下？
尺寸可以定义么？
A:
看具体什么样的量子点。有的你延展复制的足够大的超胞，用VMD里一切割就完了，看讲义上模拟金属棒的例子。有的情况你结合packmol一搞也出来了
----------------------------------------------------
2017.01.21 18:34:39
Q:
老师，请问gromacs如何用石墨烯设置wall，使用二维周期性条件
A:
何必非得二维的，直接三维的多好，上方留出足够的真空区。或者把石墨烯放在Z=0的平面，直接相当于盒子顶端就有个wall挡着分子
Q:
这样就可以了？那我回去之后试试，谢谢老师[表情]
A:
对。参看讲义上石墨烯+水滴的模拟例子
----------------------------------------------------
2017.01.21 19:14:21
Q:
[图片]
计算RMSD时是基于原子编号的，以上图为例，发现若MD期间苯环发生了旋转，化学上两个结构没有区别，但RMSD以及聚类分析时会错误认为成两种结构，有没有现成方法只按元素匹配（cloud matching？），或容易实现的算法自动识别出对称元素。
A:
那就得基于距离矩阵来判断RMSD
Q:
相当于按照原子间距离重新对原子们编号？
A:
也不重新编号，就直接对比距离矩阵。如果用cluster命令你可以试试这个选项，或许有用
[图片]
用VMD可以转换
----------------------------------------------------
2017.01.21 19:52:37
Q:
[图片]
这本书其实我觉得编写的还可以
感觉sob 大大还是觉得中文书很烂/呲牙
A:
量化那部分已经不只是写得不好了，而是错误百出，严重误导
比如说什么6-31G里面的6代表STO-6G，真是害人！
Q:
/憨笑除了英文书，中文的就只能期待大博士的书了
英文的也最好只看赖文的
A:
经典的还多着呢
Q:
大博士留着到高级班推荐？
A:
基础班讲义最后头有量化书推荐
Q:
但是推荐度都是中低档
A:
jensen、cramer、szabo的书都不错
Q:
/阴险那么多书的难度已经满足不了娃娃了
/鼓掌李大博士写一个
现在不缺难书，缺入门书
苑的书后ms 入门不错[表情]
A:
后面MS有些地方有一些他自己的东西，毕竟专门做软物质那块，不过例子还是少
前面的部分大多都是套路
Q:
是的，其实后面就是把help 翻译了下/流汗
A:
单纯把help翻译成中文版肯定也有很多人买
----------------------------------------------------
2017.01.21 20:06:42
Q:
[图片]请问gaussianview中怎么画出那条绿线和自由基的那个红点呢？
A:
ps
----------------------------------------------------
2017.01.21 21:24:34
Q:
mqqapi://forward%2furl%3fs%3d1484976251192%26url_prefix%3daHR0cDovL3MucC5xcS5jb20vcHViL2p1bXA%2fZD1BQUJYbTJ2RCZfd3Y9Mw%3d%3d%26version%3d1%26plg_auth%3d1%26src_type%3dweb%26_wv%3d3
A:
看群共享里群规，不得发意义不明的链接
Q:
记大过，以正群规。
A:
已经记了
----------------------------------------------------
2017.01.21 21:55:12
Q:
社长请问培训的ppt会公开吗？
A:
这和问出书的人，书稿的word或latex文档会不会放网上公开一样
Q:
一直没搞清因为网上也down到了其它的培训资料，现在想来应该是别人非法上传
A:
可能性有三
1 未经授权，非法上传
2 培训资料根本没用心做，如同一次性餐具，这种破资料作者自己留着也没用了
3 作者有其它固定经济来源，培训是纯公益性的，只希望培训资料有更多人看到
Q:
现在感觉不管学什么软件，还是手册最好
不过gmx ，有了sob可以少看手册了
A:
manual和官网上的user guide中最重要的部分我都提炼到讲义上了。先把讲义上的都弄明白，之后要再全面了解细枝末节的东西可以再把手册过一遍
----------------------------------------------------
2017.01.21 22:00:31
Q:
sob老师麻烦请问做完径向函数分布后，我想用origin绘图，这个数据怎么导出来，
[图片]
A:
把xvg文件开头的井号和at符号删掉，后缀名改为.txt，往origin里一拖就完了
Export to Xmgrace
----------------------------------------------------
2017.01.21 22:39:30
Q:
初级班的报名通知出来了吗？
A:
春节之后
----------------------------------------------------
2017.01.21 22:51:55
Q:
请问一下“选上Manual Displacement并拉动滑条来沿着虚频模式略微调整结构”这边大概的数值范围是多少
A:
跟体系有关，以及你这么做的目的
Q:
消虚频
A:
0.1~0.2
----------------------------------------------------
2017.01.21 23:16:33
Q:
大家新年好啊！麻烦问下：文章中计算出来的键长键角等物理量，然后与实验值对比，这个实验值在哪里查，有没有数据库，还是只能看文献啊？
A:
非常小的分子在CRC手册等地方能查到，双原子分子在NIST数据库上有平衡距离。大一些的分子，搜文献以及CCDC数据库
----------------------------------------------------
2017.01.21 23:31:58
Q:
谢谢，我能加一下他的qq吗？做相关工作，想随时交流一下。
我参加过一个lammps的学习班，只能感慨三个字:我操！
那班坑爹坑的，都把爹坑成爷了！
我操是好还是不好
跟卢老师这班比，给那个班一个班的评价就是:不要x脸！
据我所知，那个班还一年办无数次
A:
估计是博宏科睿之流
----------------------------------------------------
2017.01.21 23:45:23
Q:
开学就想sob说的，弄个蛋白在水里跑个10nm,然后各种分析[emoji]
A:
ns
----------------------------------------------------
2017.01.22 00:21:50
Q:
老师，想比较几个分子能量高低一般都用哪个量比？U（0）还是G呢
A:
G
----------------------------------------------------

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Mirror · 发表于 Post on 2017-3-13 18:14:06

好哒

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