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[GROMACS] 求助:请教如何根据rmsd值选择构建的聚合物模型 附文件

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本帖最后由 xuecao 于 2025-5-20 22:24 编辑

根据参考文献,找计算商家堆叠了一个聚合物的模型,这个模型用于相互作用研究 商家说10-20ns 的结构比较合理,20-100ns的结构比较松散,建议用10ns 的结构去做研究,图中叠合了一下100ns(紫色)和10ns(绿色)的结构,从rmsd上可以看到前20ns是一种构象,后20-100ns是另外一种构象,商家说100ns的快跑散架了,认为10ns的结构比较可行,本人小白,想请教大家,商家说的对吗? 因为后面要发文章,又担心用10ns跑出的结构会被质疑。

202505072134532522..png (139.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

rmsd图

rmsd图

202505072134235248..png (66.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

202505072134235248..png

10ns.pdb

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100ns.pdb

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