求助使用AUTOFF和ligpargen计算组分的OPLS-AA力场，发现两者在角参数上有出入

huangzi · 发表于 Post on 2025-5-13 20:47:02

我模拟的是聚碳酸酯，参考了文献，目前倾向于使用OPLS-AA力场，先用AUTOFF计算选择了OPLS-AA/L,然后又用ligpargen想进行一下验证，发现部分原子的Pair Coeffs 不一样，此外角参数也存在不一样的情况，想问一下各位大佬这种合理吗

slxc920113 · 发表于 Post on 2025-5-13 22:11:32

Ligpargen的参数是OPLS-AA/M，不是OPLS-AA/L。

huangzi · 发表于 Post on 2025-5-14 10:44:45

slxc920113 发表于 2025-5-13 22:11
Ligpargen的参数是OPLS-AA/M，不是OPLS-AA/L。

您好，我刚才又在AUTOFF上试了一下，计算聚合物的OPLS-AA/M力场，发现始终无法计算，始终无法跳转计算参数那个页面，想问这种情况正常吗？

slxc920113 · 发表于 Post on 2025-5-14 13:15:12

huangzi 发表于 2025-5-14 10:44
您好，我刚才又在AUTOFF上试了一下，计算聚合物的OPLS-AA/M力场，发现始终无法计算，始终无法跳转计算参 ...

加上OPLS-AA/L做备选

huangzi · 发表于 Post on 2025-5-14 19:43:50

slxc920113 发表于 2025-5-14 13:15
加上OPLS-AA/L做备选

老师，我先选择了OPLS-AA/M力场加上OPLS-AA/L做备选，然后导出来了lammps力场文件，发现跟我用ligpargen导出来的还是存在出入，OPLS-AA/M力场加上OPLS-AA/L做备选，这种情况下导出来的力场文件是这两种情况结合的吗？假如我要验证一下ligpargen导出的参数，还有别的方法吗

neocc · 发表于 Post on 2025-5-14 21:42:04

带电的结构好像有点问题，autoff使用CgenFF和IFF力场也会有报错

huangzi · 发表于 Post on 2025-5-14 22:00:52

neocc 发表于 2025-5-14 21:42
带电的结构好像有点问题，autoff使用CgenFF和IFF力场也会有报错

老师麻烦问下您说的是离子吗，可以理解为聚碳酸酯在autoff下算出的力场存在误差吗，假如要模拟运行的话那是要直接使用ligpargen下生成的opls-aa参数吗，谢谢老师

neocc · 发表于 Post on 2025-5-14 22:40:36

huangzi 发表于 2025-5-14 22:00
老师麻烦问下您说的是离子吗，可以理解为聚碳酸酯在autoff下算出的力场存在误差吗，假如要模拟运行的话那 ...

可以认为是离子，力场识别的时候被标注为DU

sarphuart · 发表于 Post on 2025-5-14 23:54:38

huangzi 发表于 2025-5-14 10:44
您好，我刚才又在AUTOFF上试了一下，计算聚合物的OPLS-AA/M力场，发现始终无法计算，始终无法跳转计算参 ...

说明你的结构中有原子是选择力场中不支持的，程序自动会禁止下一步操作。需要更换其他的力场，或者添加备选的杂化力场达到能够匹配所有原子的目的。

neocc · 发表于 Post on 2025-5-15 03:08:20

sarphuart 发表于 2025-5-14 23:54
说明你的结构中有原子是选择力场中不支持的，程序自动会禁止下一步操作。需要更换其他的力场，或者添加备 ...

请问如何在autoFF里面使用指定某个原子的杂化力场呢？

sarphuart · 发表于 Post on 2025-5-15 09:08:44

neocc 发表于 2025-5-15 03:08
请问如何在autoFF里面使用指定某个原子的杂化力场呢？

你换个力场或者同时选择多个力场，系统会自动把不被识别的原子 DU 加到另一个可被识别的力场上，只要不出现 DU 力场说明力场就兼容了所有原子，就可以进行下一步了

chenzhe · 发表于 Post on 2025-5-15 09:58:40

huangzi 发表于 2025-5-14 19:43
老师，我先选择了OPLS-AA/M力场加上OPLS-AA/L做备选，然后导出来了lammps力场文件，发现跟我用ligpargen ...

有出入就以ligpargen为准，毕竟那是opls官方工具

huangzi · 发表于 Post on 2025-5-15 10:20:01

sarphuart 发表于 2025-5-14 23:54
说明你的结构中有原子是选择力场中不支持的，程序自动会禁止下一步操作。需要更换其他的力场，或者添加备 ...

那老师假如我要求聚碳酸酯的OPLS-AA力场，不使用AUTOFF,使用ligpargen求是不是也可以啊？但ligpargen无法确认原子序号，所以我辅助使用了AUTOFF下的OPLS-AA/L力场的键参数来反推到ligpargen的原子序号，从而在使用ligpargen下的力场参数，这种可以吗？

huangzi · 发表于 Post on 2025-5-15 11:26:54

chenzhe 发表于 2025-5-15 09:58
有出入就以ligpargen为准，毕竟那是opls官方工具

老师ligpargen只有参数，看不到原子id，我要怎么样才能将参数和原子一一对应呢，以前是借助autoff

slxc920113 · 发表于 Post on 2025-5-15 12:48:39

chenzhe 发表于 2025-5-15 09:58
有出入就以ligpargen为准，毕竟那是opls官方工具

ligpargen也需要检查的，尤其是带F原子的体系有明显的错误，三哥写的代码不要过于相信。

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