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[GROMACS] 氢气水合物中氢气的低L-J参数问题

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楼主
最近做氢气水合物水选择TIP4Pice,氢气的L-J选择的是 σ=2.59e-01  ε=1.03900e-01,但是氢气很不容易进入到水里,手动的调低数值就可以进去(没有依据,不能用。想问大家有氢气的L-J参数比较低的吗

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喵星人

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发表于 Post on 2025-5-16 02:39:53 | 只看该作者 Only view this author
H2在水里的溶解度本来就很低,分层气液界面难道不是正常的么

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发表于 Post on 2025-5-16 06:37:50 | 只看该作者 Only view this author
如果你要描述液态水,用TIP4P/ice水模型完全莫名其妙。如果不是模拟冰或冰点附近的特征,就甭用这个
氢气本来就很难跑到水里,和水的静电作用本来就非常弱。靠调参数得到一个没实际意义的结果、虚假的现象,本身就是毫无意义的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-16 10:16:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-16 06:37
如果你要描述液态水,用TIP4P/ice水模型完全莫名其妙。如果不是模拟冰或冰点附近的特征,就甭用这个
氢气 ...

是这样的老师,我描述的不对,我现在复现的是碳管里形成一维的氢气水合物,也就是tip3p结冰形成空心六元环氢气被困在中间(250K)。但是我用TIP4P/ice做,氢气就会取代原本六元环的位置,而中间却是水(370K)

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发表于 Post on 2025-5-17 05:44:52 | 只看该作者 Only view this author
潇潇的kk 发表于 2025-5-16 10:16
是这样的老师,我描述的不对,我现在复现的是碳管里形成一维的氢气水合物,也就是tip3p结冰形成空心六元 ...

甭用TIP4P/ice就完了,本来这也不是体相的冰,用TIP4P/ice本来就没什么好处


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发表于 Post on 2025-6-10 15:43:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-16 06:37
如果你要描述液态水,用TIP4P/ice水模型完全莫名其妙。如果不是模拟冰或冰点附近的特征,就甭用这个
氢气 ...

sob老师您好!但是我有看到赵文辉老师的一篇文章报道了氢气水合物的生成,他做的氢气水合物一下子就形成了,具体文章如下:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ja5041539

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