计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[量化理论] 简谈量子化学计算中DFT泛函的选择

  [复制链接 Copy URL]

1187

帖子

5

威望

2841

eV
积分
4129

Level 6 (一方通行)

31#
发表于 Post on 2020-3-18 11:30:31 | 只看该作者 Only view this author
乐嘻嘻嘻 发表于 2020-3-18 11:18
老师好,最近我师妹做了个体系,优化有机大分子,在考虑了B3LYP,PBE0,CAM-B3LYP泛函之后,选择了B3PW91/6-3 ...

建议先花十分钟把这篇博文读一遍......

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112349

管理员

公社社长

32#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-19 21:19:13 | 只看该作者 Only view this author
乐嘻嘻嘻 发表于 2020-3-18 11:18
老师好,最近我师妹做了个体系,优化有机大分子,在考虑了B3LYP,PBE0,CAM-B3LYP泛函之后,选择了B3PW91/6-3 ...

不要用B3PW91,非主流,也没有什么理由用这个(无论是精度还是流行程度上)
有机体系就用B3LYP-D3(BJ)优化就很适合,非常流行,基本不会被找碴(除了个例,诸如18轮烯、18碳环之类涉及长程大共轭体系,此类情况B3LYP表现不如wB97XD等合理,参考诸如《一篇最全面、系统的研究新颖独特的18碳环的理论文章》http://sobereva.com/524
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

154

帖子

0

威望

613

eV
积分
767

Level 4 (黑子)

33#
发表于 Post on 2020-3-25 22:14:58 | 只看该作者 Only view this author
小范范1989 发表于 2015-1-1 19:25
敢问sob,为啥这么牛,懂得这么多.......膜拜啊,大神就是大神。
元旦快乐。

Sob老师好像是北科的博士,666

65

帖子

0

威望

392

eV
积分
457

Level 3 能力者

34#
发表于 Post on 2020-7-11 18:43:07 | 只看该作者 Only view this author
请问像Fe4S4这种团簇,也是用纯泛函比较好吗?之所以选择纯泛函是因为描述键长不合理吗?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112349

管理员

公社社长

35#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-12 09:04:38 | 只看该作者 Only view this author
CCCC 发表于 2020-7-11 18:43
请问像Fe4S4这种团簇,也是用纯泛函比较好吗?之所以选择纯泛函是因为描述键长不合理吗?

“纯泛函比较好吗?之所以选择纯泛函是因为描述键长不合理吗?”你的问题明显前后矛盾

用纯泛函,或者HF成分低的,诸如TPSSh
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

65

帖子

0

威望

392

eV
积分
457

Level 3 能力者

36#
发表于 Post on 2020-7-12 16:43:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-12 09:04
“纯泛函比较好吗?之所以选择纯泛函是因为描述键长不合理吗?”你的问题明显前后矛盾

用纯泛函,或者 ...

嗯嗯,我后面这句话掉了主语,谢谢回复~

61

帖子

0

威望

452

eV
积分
513

Level 4 (黑子)

37#
发表于 Post on 2020-7-23 20:57:19 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我模拟了有机大分子的吸收光谱,如图所示,之后想考虑分子内的电荷转移等特征,我的问题是,从图来看,B3LYP泛函和实验值吻合的稍微好一点,但看这篇博文,B3LYP不太利于描述电荷转移特征。但是如果要用wB97XD泛函,光谱来看和实验值差的较大,想问一下这种情况应该如何处理?麻烦老师。

6666$33.png (25.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 99)

6666$33.png

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112349

管理员

公社社长

38#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-24 07:45:04 | 只看该作者 Only view this author
乐嘻嘻嘻 发表于 2020-7-23 20:57
老师好,我模拟了有机大分子的吸收光谱,如图所示,之后想考虑分子内的电荷转移等特征,我的问题是,从图来 ...

能否与实验较好吻合是由多方面因素共同影响的,泛函仅仅是其中一个方面
在当前情况下,如果你只是单纯想通过选择泛函来让模拟结果与实验较好吻合而不管其它因素带来的问题,就用B3LYP就完了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

61

帖子

0

威望

452

eV
积分
513

Level 4 (黑子)

39#
发表于 Post on 2020-7-24 09:40:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-24 07:45
能否与实验较好吻合是由多方面因素共同影响的,泛函仅仅是其中一个方面
在当前情况下,如果你只是单纯想 ...

谢谢老师,主要是之后想考察激发特征,怕B3LYP会引起假的激发态。

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112349

管理员

公社社长

40#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-26 17:21:52 | 只看该作者 Only view this author
今日对本文进行了大幅改写和扩充
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

1187

帖子

5

威望

2841

eV
积分
4129

Level 6 (一方通行)

41#
发表于 Post on 2020-12-26 18:02:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-26 17:21
今日对本文进行了大幅改写和扩充

卢老师是不是可以考虑抽时间再开一次“最常用的DFT泛函”和“最常用的量子化学软件”投票了,感觉这几年会有不少变化了。另外“最常用的分子动力学软件”等等是不是也可以考虑开一个

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
北大-陶豫 + 5 我很赞同

查看全部评分 View all ratings

1632

帖子

4

威望

4088

eV
积分
5800

Level 6 (一方通行)

喵星人

42#
发表于 Post on 2020-12-27 00:58:56 | 只看该作者 Only view this author
ts58 发表于 2020-12-26 21:39
感谢站长,希望卢老师也能顺带更新周期性体系计算中的泛函选择(虽然大部分人都是PBE/HSE/SCAN或者+U)。在 ...

VASP之类的在周期性里用杂化泛函计算量会暴增而几乎算不动,内存消耗也很大,这事在cp2k里通过ADMM可以一定程度上缓解。大部分情况优化结构,晶格常数之类的都是纯泛函,只有在要精确计算能带结构之类的时候会去用杂化泛函。纯泛函的话几个常用的区别不算很大,PBE在大多数情况下比较合理,+U这事情就另说了。

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112349

管理员

公社社长

43#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-27 06:34:00 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-12-26 18:02
卢老师是不是可以考虑抽时间再开一次“最常用的DFT泛函”和“最常用的量子化学软件”投票了,感觉这几年 ...

打算21年弄
每三年一次
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112349

管理员

公社社长

44#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-12 05:00:12 | 只看该作者 Only view this author
对本文进行了更新,wB2GP-PLYP不再是首要推荐
关于用双杂化泛函基于TDDFT算激发态:JCTC (2021) DOI: 10.1021/acs.jctc.0c01135的测试表明一般激发态用DSD-PBEP86计算最理想,其次是此文提出的范围分离双杂化泛函RS-PBEP86,另一个范围分离双杂化泛函wB2GP-PLYP表现差一些,但仍比用普通泛函强。CT特征显著的激发态则应当用RS-PBEP86或wB2GP-PLYP。各种类型激发态都涉及的话最好用RS-PBEP86。ORCA支持wB2GP-PLYP和DSD-PBEP86算TDDFT。

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

3

帖子

0

威望

97

eV
积分
100

Level 2 能力者

45#
发表于 Post on 2021-4-1 20:19:19 | 只看该作者 Only view this author
文中说“首选wB97X-V或wB97M-V,其次PBE0-D3(BJ)和MN15”,那请问在仅含有一个Rh原子的配合物中(总共70-100个原子),PBE0-D3(BJ)在优化和计算中跟wB97X-V有哪些差距呢?
另外博文中提到过当弱相互作用明显时B3LYP-D3(BJ)也是一个不错的选择,该体系是不是也可以选用B3LYP-D3(BJ)呢?

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 05:26 , Processed in 0.205323 second(s), 30 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list