gromacs中prm文件的作用是什么

肥力丝

请问各位老师prm文件是对力场文件的补充吗？
之前模拟的分子的prm文件内容如下
[ bondtypes ]
;      i        j  func           b0           kb


[ angletypes ]
;      i        j        k  func       theta0       ktheta          ub0          kub


[ dihedraltypes ]
;      i        j        k        l  func         phi0         kphi  mult


[ dihedraltypes ]
; 'improper' dihedrals
;      i        j        k        l  func         phi0         kphi
但是最近模拟的分子的prm文件中包含了一个二面的参数，请问这是指对于该分子ffbonded.itp中此类型的二面角数据的补充吗？？请各位老师指教
[ bondtypes ]
;      i        j  func           b0           kb


[ angletypes ]
;      i        j        k  func       theta0       ktheta          ub0          kub


[ dihedraltypes ]
;      i        j        k        l  func         phi0         kphi  mult
   CG2D1    CG321    CG321    CG2O2     9     0.000000     0.836800     3


[ dihedraltypes ]
; 'improper' dihedrals
;      i        j        k        l  func         phi0         kphi

喵星大佬

其实就是tip文件，prm文件是NAMD的，转过来没改名字吧

肥力丝

喵星大佬 发表于 2025-5-19 15:32
其实就是tip文件，prm文件是NAMD的，转过来没改名字吧

我是用cgenff生成的模拟分子的a.itp和a.prm文件。之前一直是根据itp文件里面的键的type到ffbonded.itp文件中读取相关的参数，prm文件没有键的信息只有列名信息，最近发现有的分子的prm会列出ffbonded.itp中没有的参数，但是手册也没找到相关说明

sobereva

gromacs根本就没有所谓的prm文件，你去gromacs手册里搜prm根本什么都搜不到
极个别教程、帖子、辅助工具牵扯prm文件，那纯粹是个人行为，有问题问帖子或教程作者，这跟gromacs本身毫无直接关系

另外，产生gromacs的拓扑文件强烈建议用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop），这是非常主流的方式，遇到问题在本论坛也有人能回答