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[GROMACS] 将配体的gro文件加入pdb2gmx产生的蛋白gro文件末尾,VMD观察到配体断裂

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各位老师好,在使用Gromacs进行蛋白质-配体的模拟时,首先使用了Sobtop产生了配体的拓扑文件和结构文件,随后将结构文件加入到pdb2gmx产生的蛋白质结构文件的末尾,并修改了原子数,保存为complex.gro。
用VMD观察时发现:蛋白质-配体的结构文件 complex.gro 中配体的结构出现了断裂,而起初配体的结构文件(TA.gro)并无这种情况。
想请问各位老师,这是因为什么原因导致的呢?

下图是TA.gro

下图是complex.gro,在图左侧和右侧观察到断裂,同时coloring method选择name,在右侧部分观察到未能成功着色


complex.gro

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TA.gro

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发表于 Post on 2025-5-21 06:02:52 | 只看该作者 Only view this author
你编辑的gro文件的部分列都错位了。gro是固定格式文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-21 11:14:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 BerlinMou 于 2025-5-21 20:05 编辑
sobereva 发表于 2025-5-21 06:02
你编辑的gro文件的部分列都错位了。gro是固定格式文件

老师,我用 Visual Studio Code 处理了一下发现配体的颜色已经能正常显示,且经过自己核对,发现:
①断裂的部分属于蛋白质最后一组赖氨酸,在VMD中使用all not protein时,这组氨基酸被认为是非氨基酸,请问老师这个是什么情况?
②还有我发现配体的键链接不是很准确,例如下图,请问您这个是否会对后续模拟有影响呢?


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发表于 Post on 2025-5-22 04:01:43 | 只看该作者 Only view this author
BerlinMou 发表于 2025-5-21 11:14
老师,我用 Visual Studio Code 处理了一下发现配体的颜色已经能正常显示,且经过自己核对,发现:
①断 ...

看下文
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html

默认情况下VMD怎么显示的连接关系,跟你做动力学用的实际的连接关系是两码事

如果连接关系判断有问题,残基上出现了多余的或存在缺失的键,可能导致没法正常判断为蛋白质残基。也可能原子名或残基名不标准导致没法判断为蛋白质部分
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-22 14:27:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 BerlinMou 于 2025-5-22 15:13 编辑
sobereva 发表于 2025-5-22 04:01
看下文
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534http://bbs.keinsci.c ...

谢谢Sob老师!我检查了一下,我的蛋白质gro文件末尾最后一组的残基都多了一个氧原子,且命名不标准(见下图)。


目前,我手动删除结构文件的最后一个氧原子,然后修改命名,发现已经解决了此问题。但这会使得与拓扑文件的原子数不符。
我尝试删除蛋白质pdb文件(附件)中的最后一个氧原子,用pdb2gmx -ignh 重新生成,发现他还是会默认加上两个氧原子。
想请问老师,应该怎么进一步解决这个问题呢?还是说末端这种不标准的残基我可以忽略他,不进行任何修改?

protein.pdb

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发表于 Post on 2025-5-23 06:20:37 | 只看该作者 Only view this author
BerlinMou 发表于 2025-5-22 14:27
谢谢Sob老师!我检查了一下,我的蛋白质gro文件末尾最后一组的残基都多了一个氧原子,且命名不标准(见下 ...

C端末尾的羧基本来就是两个O
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-23 08:40:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 BerlinMou 于 2025-5-23 10:06 编辑
sobereva 发表于 2025-5-23 06:20
C端末尾的羧基本来就是两个O

脑子糊涂,忘记这回事了。现在我把最后两个氧原子重新命名成O就没问题了,感谢社长!

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