求助:MS建立AC盒子后，进行几何优化与退火后煤分子密度大幅度降低

smeli · 发表于 Post on 2025-5-22 17:58:55

老师同学们好，我在建立完煤分子模型后，首先进行了几何优化和300-600K下NVT系综下退火，得到能量最低的煤分子模型，然后我在此煤分子模型的基础上，建立一个密度为1.0的AC盒子，然后再进行几何优化，发现密度降到0.5左右，然后我进行MD 模拟，在NPT系综下，发现煤分子密度在0.6-0.78之间，与文献中差别很大，文献中是1.20-1.22左右，我想问一下什么原因，第一张图是退火和MD模拟条件，第二张是几何优化后密度变化，第三张是MD模拟密度变化，感谢

WJLSSS · 发表于 Post on 2025-5-22 19:35:14

我也在NPT后遇到类似的问题，楼主解决了吗，解决了可以踢踢我吗

smeli · 发表于 Post on 2025-5-23 08:51:06

WJLSSS 发表于 2025-5-22 19:35
我也在NPT后遇到类似的问题，楼主解决了吗，解决了可以踢踢我吗

可能是时间不够长，或者是先nvt再npt

WJLSSS · 发表于 Post on 2025-5-23 11:57:05

smeli 发表于 2025-5-23 08:51
可能是时间不够长，或者是先nvt再npt

我感觉不是时间不够长的原因吧我这个密度已经完全掉下去了，给再多的时间密度也不会再上来。我这个是先NVE之后再NPT，我组里面的师兄也是这样先NVE后NPT他那边就比较正常，密度稍微下降一点然后就趋于稳定。

smeli · 发表于 Post on 2025-5-23 14:43:07

WJLSSS 发表于 2025-5-23 11:57
我感觉不是时间不够长的原因吧我这个密度已经完全掉下去了，给再多的时间密度也不会再上来。我这个是先 ...

可能跟物质所需要的力场有关吧，要不改变改变力场，或者系综，我的是煤分子，我准备先nvt退火，再npt动力学试试

WJLSSS · 发表于 Post on 2025-5-23 16:11:20

这些是我整理在论坛找到的一些相关的内容。（1.检查力场电荷 2.阴阳离子分开处理 3.是否使用前面系综的最后一帧 4.体系是否平衡）你可以看看这些，不过我还是没解决

WJLSSS · 发表于 Post on 2025-5-23 16:23:35

补充，希望我们能一起解决这个问题

smeli · 发表于 Post on 2025-5-23 22:44:47

WJLSSS 发表于 2025-5-23 16:23
补充，希望我们能一起解决这个问题

好的，感谢感谢，有消息通知你

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