关于PBC条件对MD中能量计算的影响

秋心

各位老师好，我最近使用ASE跑分子团簇的MD，模拟条件是NVT系综、300 K、未设置初始速度，保持步长等参数设置一致在nopbc和pbc(pbc条件时盒子大小为3.5nmx3.5nmx3.5nm，分子团簇的尺寸大约为1nm左右且处于盒子中心)下都跑了MD，使用的ASE输入文件请见附件一，我发现nopbc(输出结果为图一)和pbc(输出结果为图二)下的第一帧结构能量差距很小，仅为1E-4 kcal/mol，注意第一帧的动能和温度均为零。按照我对PBC条件的理解，PBC条件的加入会在计算镜像分子的坐标时对能量的计算结果产生影响，这个影响有多大？1E-4 kcal/mol这个能量差距算是PBC造成的影响吗？这个影响会随着MD的进行不断加大吗？比如发生分子跨越盒子的时刻。