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[其它程序] 求助VOTCA无法读取gromacs产生的tpr拓扑文件

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楼主
各位老师大家好,
最近我在进行小分子材料迁移率的计算,对于薄膜形态的小分子,目前有一些文献使用gromacs结合VOTCA软件进行计算。
在使用VOTCA软件时,需要的输入文件为gromacs的tpr文件和一个xml文件。
我在使用这个软件的过程中,遇到如下的问题,恳请各位老师赐教:


在使用官网教程中的xtp_map -t MD_FILES/topol.tpr -c MD_FILES/conf.gro -s system.xml -f state.hdf5命令来将输入文件信息载入state.hdf5时,无法读取到tpr文件。


使用的gromacs是2018版本的,VOTCA是2024版本的。
参考了帖子:求助帖:molclus使用gromacs无法产生tpr脚本 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社,还是未解决,希望可以有使用过VOTCA软件进行计算的老师来指导我,万分感谢!祝各位老师科研顺利。

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发表于 Post on 2025-5-28 22:43:05 | 只看该作者 Only view this author
最好把输入文件压缩发上来,不然别人也没法测试。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-29 20:17:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 like_liu 于 2025-5-30 13:05 编辑

压缩包里给出了需要用到的tpr、gro、xml文件,不确定自己写的这个xml文件是否正确,感谢帮忙查看。

FTPD.zip

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