在gromacs里应该如何计算体系的结构因子？

weaey · 发表于 Post on 2021-5-12 19:14:01

本帖最后由 weaey 于 2021-5-12 20:30 编辑

wbn 发表于 2021-5-12 17:55
1. 随q变化。q(r)如何获得见International Tables for Crystallography: Volume C, 如果你要把它当作一个 ...

十分感谢，差不多看明白了

Nieqixia · 发表于 Post on 2021-12-1 14:14:18

diaok 发表于 2017-3-23 14:02
首先感谢指导

gmx saxs的时候有assign element

您好，请问fdf到s（q）的matlab傅立叶变换可以分享吗

will维维 · 发表于 Post on 2021-12-7 10:45:04

本帖最后由 will维维于 2021-12-7 11:34 编辑

wbn 发表于 2017-3-25 02:24
我做的的是小分子均相体系WAXS，你如果做的是SAXS的话可以不用W(r)。但是要保证你的盒子够大，平衡够充分 ...

老师您好，计算gA-B(r)的时候，如果原子类型A、B在同一个分子内（尤其是成键的两原子），那么就会出现一个极高的分子内峰，对S(q)的计算结果影响很大。请问我计算S(q)的时候需要排除gA-B(r)的分子内峰吗？
另外，实验上做saxs需要扣掉纯水的基底，不知道用文献里的eq(1)计算的时候, 是不是也要另外做一个纯水的模拟？

StormSpirts · 发表于 Post on 2022-3-22 14:41:51

本帖最后由 StormSpirts 于 2022-4-10 16:06 编辑

搜集了一些关于GROMACS的Cromer and Mann method的资料，发上来给大家作参考：

GROMACS的Cromer and Mann method的源代码：https://fossies.org/dox/gromacs- ... _source.html#l00075

Cromer and Mann method原文：http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?S0567739468000550

一篇使用Cromer and Mann method处理X射线数据，对比MD结构参数的文章，原理写得挺详细：https://journals.iucr.org/s/issues/2021/05/00/xh5057/index.html
文中列出了atomic form factor和structure factor的公式，两者形式非常相似。又因为atomic form factor可以用Cromer and Mann method方法近似得到，所以GROMACS用Cromer and Mann method方法近似计算结构因子可能是有合理性的（但我对这方面不懂，不敢乱说）。

hanshuai222 · 发表于 Post on 2024-10-24 22:03:06

wbn 发表于 2017-3-23 03:24
我算过很多X-ray structure factor，还用这个灌了不少水 http://dx.doi.org/10.1063/1.4972410 doi: http: ...

请问代码能分享下吗

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