在分子体系中加二氯甲烷显式溶剂，为什么二氯甲烷分子和我计算的体系连在一起了？

ouou

本人想在分子体系中加二氯甲烷显式溶剂，想先加一个分子试一下，可是为什么二氯甲烷分子和我计算的体系连在一起了？
同时请问一下加入显示溶剂的话，我的输入文件是正确的吗？
可能问题比较低级，谢谢老师答复

sobereva

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “在gview中构建显示溶剂模型” 改了，以后务必注意

认真看此文
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

关键词没明显问题。B 23 40 F意义不明。不推荐给Zn用过时的Lanl2DZ，看下文
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373（http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html）

wzkchem5

Zn的空配位点很难与CH2Cl2配位，但凡体系里有痕量的配位性溶剂（包括但不限于水），就和配位性溶剂配位了。
建议确认体系是不是绝对干燥，绝对不含任何配位性溶剂，如果不是，所含的配位性溶剂主要是什么

dnlx

wzkchem5 发表于 2025-6-7 09:35
Zn的空配位点很难与CH2Cl2配位，但凡体系里有痕量的配位性溶剂（包括但不限于水），就和配位性溶剂配位了。 ...

还有一种可能是二聚体乃至多聚体，每个单体分子用氮、硫或氧给另一个单体的锌配位。

wzkchem5

dnlx 发表于 2025-6-8 04:23
还有一种可能是二聚体乃至多聚体，每个单体分子用氮、硫或氧给另一个单体的锌配位。

对，不过那样的话估计会从溶液里沉淀出来，做实验的人会发现

dnlx

下载了输入文件才发现，你给出的结构不是中性分子，而是阳离子。所以你应该加阴离子，让阴离子和锌配位。

ouou

sobereva 发表于 2025-6-7 02:09
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

谢谢老师

ouou

dnlx 发表于 2025-6-8 09:28
下载了输入文件才发现，你给出的结构不是中性分子，而是阳离子。所以你应该加阴离子，让阴离子和锌配位。

请问应该怎么加阴离子呀，问题有点低级还请见谅，谢谢

wzkchem5

ouou 发表于 2025-6-17 11:18
请问应该怎么加阴离子呀，问题有点低级还请见谅，谢谢

（1）根据实验条件，确定你需要加哪种阴离子，例如Cl-、BF4-、OTf-等
（2）把这个离子放到Zn旁边，让它和Zn的距离近似等于单键键长。Zn-X单键键长等于Zn的共价半径加上X的共价半径，共价半径自己查
（3）把总体系的电荷减1，自旋多重度不变