[GROMACS] AWH的PMF图该如何分析

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发表于 Post on 2025-6-10 21:10:00 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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这是我用不同的force constant运行模拟后提取awh数据作出的pmf图，图中的横纵坐标是两组原子间的距离。左边的constant是80000右边是60000。请问图中不同颜色的区域代表什么意思呢？不是很清楚这里的能量代表的是什么，是指该反应坐标下系统的能量吗？还是指该反应坐标下由偏置势所施加的势能大小？

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