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[GROMACS] gromacs能模拟二价阳离子导致脂肪酸囊泡双层解离吗

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实验里仅需微量的二价阳离子就能导致脂肪酸囊泡的破裂,gromacs能通过做囊泡双层模拟出这一点吗?我试着在双层中加入大量的Mg2+离子,添加的数量需要用-rmin 0.5才能加进去,但是发现双层并没有受影响,离子只是附在头基表面。

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发表于 Post on 2025-6-18 16:31:21 | 只看该作者 Only view this author
可以看看相关论文 用了哪些指标分析的膜完整性的好与坏。有的影响目测看不出来。

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3#
发表于 Post on 2025-6-19 07:09:53 | 只看该作者 Only view this author
原理上可以
可能模拟时间不够长,也可能模拟条件不当,如温度偏低导致难以充分运动等等
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