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[Multiwfn使用咨询] 计算COF孔洞自由体积,可以以水分子作为探针吗

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请问Multiwfn计算COF孔洞自由体积,可以以水分子作为探针吗

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发表于 Post on 2025-6-19 06:27:51 | 只看该作者 Only view this author
认真看下文的原理介绍。根本不牵扯探针的概念
使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域
http://sobereva.com/539http://bbs.keinsci.com/thread-16491-1-1.html
使用Multiwfn计算晶体结构中自由区域的体积、图形化展现自由区域
http://sobereva.com/617http://bbs.keinsci.com/thread-25241-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-19 12:00:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-19 06:27
认真看下文的原理介绍。根本不牵扯探针的概念
使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区 ...

谢谢卢老师,我看您的讲义说gromacs计算自由体积的时候可以设置探测球半径1.4埃来代表水,请问用gromacs统计自由体积的方法和用Multiwfn区别会很大吗

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发表于 Post on 2025-6-19 14:19:43 | 只看该作者 Only view this author
Lisy 发表于 2025-6-19 12:00
谢谢卢老师,我看您的讲义说gromacs计算自由体积的时候可以设置探测球半径1.4埃来代表水,请问用gromacs ...

实际结果差别大不大取决于gromacs里探针半径,以及Multiwfn里相关参数设置,可以调得数值差不多,差异也可以大。Multiwfn计算自由体积不牵扯到探针大小问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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