在用gromacs对膜进行位置限制遇到问题该如何解决

5664 · 发表于 Post on 2025-6-20 20:34:13

使用CHARMM-GUI建立了膜模型，在对膜进行弯曲后，我想要膜维持这个弯曲形态去进行弛豫，所以我采用了genrestr命令，生成了限制的itp文件，随后在top文件和mdp文件进行了引用宏，但会报错：Atom index (4) in position_restraints out of bounds (1-3). This probably means that you have inserted topology section "position_restraints"

sobereva · 发表于 Post on 2025-6-22 08:04:29

[position_restraints]是对上面紧挨着的[moleculetype]而言的，序号必须是此分子类型里面的原子序号，当前超了。检查[position_restraints]的内容和放的位置

5664 · 发表于 Post on 2025-6-23 13:21:02

老师，您的意思是将posres_POPC_P.itp文件里超出的原子全部删除吗？删除之后再将其复制到POPC.itp文件吗？

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