计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 216|回复 Reply: 3
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合讨论] 分子吸附在表面发生解离时该如何计算其变形能?

[复制链接 Copy URL]

2

帖子

0

威望

250

eV
积分
252

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
大家好,我目前想要分析一个柔性分子吸附在表面时的变形能。

我使用的计算变形能的公式为 E(变形能) = E(分子在表面吸附的构象) - E(分子在真空中优化后的构象)

现在遇到的问题是,分子中含有羧基,吸附时质子转移到了表面,如果按照上述公式进行计算的话,计算 E(分子在表面吸附的构象) 时会有断键存在,和E(分子在真空中优化后的构象)的差值就不只有变形能。

请问在这种情况下,应该怎样处理才能正确得到分子的变形能呢?

谢谢大家!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120102

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2025-6-23 05:44:59 | 只看该作者 Only view this author
这属于解离吸附。不管是否断键,依然按照那个公式计算变形能。但如果你觉得称为变形能在语义上不适合的话,也可以称为解离能。或者如果整个吸附过程中可以近似划分为结构变形+解离两个阶段,可以取MEP上的一个点作为分界,前面部分的能量改变算变形能,后面的算解离能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

2

帖子

0

威望

250

eV
积分
252

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-23 17:29:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-23 05:44
这属于解离吸附。不管是否断键,依然按照那个公式计算变形能。但如果你觉得称为变形能在语义上不适合的话, ...

谢谢老师。因为目前我主要是想针对变形能进行分析,所以不想要解离能的这一部分。想要问一下有没有办法去掉解离能的影响,只得到变形能。麻烦老师了

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120102

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2025-6-24 05:25:31 | 只看该作者 Only view this author
yulichimie 发表于 2025-6-23 17:29
谢谢老师。因为目前我主要是想针对变形能进行分析,所以不想要解离能的这一部分。想要问一下有没有办法去 ...

如前所述,只能自己选MEP上的一个点作为分界。选择有一定任意性,比如把要解离的键的键长刚出现明显增加的那个点作为分界
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-14 01:08 , Processed in 0.141379 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list