gromacs模拟锂离子电池电解液，混合溶剂体系产生相报错

研研研

电解液配方是1M LiPF6 EC:DMC(3:7 by vol)，先用高斯分别构建锂离子、六氟磷酸根离子、EC和DMC的pdb文件，然后用packmol产生16个锂离子、16个六氟磷酸根、73个EC和135个DMC均匀混合的3*3*3nm的立方盒子，名为mix.pdb。又将mix.pdb转换为mix.gro，之后又通过sobtop产生上述四种离子/分子基于GAFF力场的itp、top、以及gro文件，后来写了主top文件，相应文件已上传。

问题1：用gromacs做了能量最小化的计算后，用vmd打开em.gro文件，载入轨迹，发现六氟磷酸根形状键角变了，但是打开之前的mix.gro文件，六氟磷酸根结构是正常的，这种情况应该怎么解决？需要对离子进行约束吗？

问题2：平衡相的eq.gro文件载入到vmd里，溶剂不均匀，是不是要换力场？

问题3：做产生相时会报错如下图，可能是盒子建的太小，但是如果要将盒子建大，相应的四个分子的数量会增大，还是一样的问题

sobereva

直接让sobtop猜成键相关参数再试（力常数自动确定，平衡距离/角度等同于输入的结构文件）。不需要约束
并且检查grompp过程中是否有不可忽视的warning
并且把体系简化，组分少的体系跑正常了再跑更复杂的，便于确定问题原因
注意参考http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8


设置得当情况下，GAFF+RESP电荷模拟这种体系绝对不会有定性不合理的问题