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[GROMACS] 含有B原子的DFOB阴离子如何生成OPLS-AA力场

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ligpargen无法识别含有B元素的DFOB阴离子,还有什么办法可以生成DFOB的基于OPLS-AA的itp文件吗,目前已经用gaussian进行DFOB的pdb文件构建


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发表于 Post on 2025-6-26 02:38:21 | 只看该作者 Only view this author
推荐用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生GAFF+UFF结合RESP电荷的拓扑文件,B用UFF的范德华参数,其它元素用GAFF的范德华参数,所有成键相关项直接让sobtop自动猜谐振势的力常数或者通过mSeminario/m2Seminario方法算出来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-26 12:58:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-26 02:38
推荐用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生GAFF+UFF结合RESP电荷的拓扑文件,B用UFF的范德华参 ...

感谢老师,我尝试一下,有人说也可以先构建除B之外的部分,用比如C什么的代替B,先用lig生成“伪itp”,然后再把C替换为B,这样可取吗?

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发表于 Post on 2025-6-27 06:47:11 | 只看该作者 Only view this author
sci-666 发表于 2025-6-26 12:58
感谢老师,我尝试一下,有人说也可以先构建除B之外的部分,用比如C什么的代替B,先用lig生成“伪itp”, ...

没必要绕弯路
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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