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[VMD] VMD怎么实现单氨基酸对,不重复的氢键占有率统计

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楼主
各位老师好!
我通过Extensions的hbonds分析轨迹的氢键占有率,发现有一些氨基酸对超过100%,我网上查阅说是该操作可能会重复统计某一帧中断裂再连接的氢键。这样可以说明这两个氨基酸之间形成氢键较多吗?该怎么实现同一帧中某氨基酸对形成的氢键只统计为1?

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发表于 Post on 2025-6-26 17:53:19 | 只看该作者 Only view this author
你查到的说法是错误的
当前情况是因为两个氨基酸残基之间可以同时形成不止一条氢键,比如精氨酸侧链有多个氢键给体。在VMD里看轨迹时把氢键显示出来一看便知
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-26 18:19:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-26 17:53
你查到的说法是错误的
当前情况是因为两个氨基酸残基之间可以同时形成不止一条氢键,比如精氨酸侧链有多个 ...

原来如此。请问老师,VMD能实现按照氨基酸对统计,而不是按照氢键条数统计吗?需要如何实现?

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发表于 Post on 2025-6-27 06:44:49 | 只看该作者 Only view this author
Wqyin 发表于 2025-6-26 18:19
原来如此。请问老师,VMD能实现按照氨基酸对统计,而不是按照氢键条数统计吗?需要如何实现?

界面里选Residue pairs
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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