求助，伞状采样wham出现File input/output error: pullb41.tpr

Changtx

各位老师同学好，目前通过伞状采样进行自由能计算，使用gmx wham -it tpr.dat -if xvg.dat -o -hist -unit kCal 命令时出现File input/output error:pullb41.tpr，pullb41.tpr是采样路径上的一个tpr文件，所有的流程都是按照网上流程进行，可能是我这个tpr文件损坏了吗，但是我将这个tpr文件以及xvg删除后，仍会有其他tpr文件出现这个报错。谢谢各位老师了。

1. ;Pull code
   
2. pull                      = yes
   
3. pull_ngroups              = 2
   
4. pull_ncoords              = 1
   
5. pull_group1_name          = UP
   
6. pull_group2_pbcatom       = 141354
   
7. pull-pbc-ref-prev-step-com = yes
   
8. pull_group2_name          = DOWN ;
   
9. pull_coord1_type          = umbrella
   
10. pull_coord1_geometry      = direction ;
    
11. pull_coord1_groups        = 1 2
    
12. pull_coord1_dim           = N N Y
    
13. pull_coord1_rate          = 0.005    ;
    
14. pull_coord1_k             = 1500   
    
15. pull-coord1-vec           = 0.0 0.0 1.0 ; 调控牵引组运动方向
    
16. pull_coord1_start         = yes
    
17. 
    
18. freezegrps               =  UP    DOWN
    
19. freezedim                 = Y Y N Y Y N

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student0618

你的tpr.dat 和xvg.dat长怎样？

Changtx

student0618 发表于 2025-7-2 00:07
你的tpr.dat 和xvg.dat长怎样？

tpr.dat里面是采样坐标对应进行重新采样的tpr，例如pull1.tpr、pull2.tpr等等，xvg.dat里面是与tpr文件对应的pullf.xvg