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[综合交流] soc计算时,pysoc和orca两软件计算差异很大

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本帖最后由 呆瓜 于 2025-7-4 09:52 编辑

本人想计算锌卟啉环二聚体s1到t1的soc时,采用pysoc无法计算输出结果,报如下错误:

NUMBER OF SHELLS EXCEEDED.
INCREASE THE PARAMETER MXSH IN parameter.h AND
RECOMPILE AGAIN
本人已按照上述问题在文件中进行修改,但依旧相同提示(二聚体一共154个原子,也没有超过最大原子数之类的,感觉不是这个问题)。

因此本人测试了锌卟啉环单体,在pysoc下可以正常计算出结果(结果在下方‘pysoc及orca计算关键词和结果.txt’中)
随后,本人测试用orca直接计算soc,但是不论是二聚体还是单体,其soc值都非常小,都在0左右(结果在下方‘pysoc及orca计算关键词和结果.txt’中)。单体与pysoc差异过大,之后测试了卢老师博文中的例子,其结果与博文中没什么差异。

求助:
1. pysoc出现计算不了二聚体soc的情况是由于什么造成的,有什么解决方案呢?
2. 出现orca计算soc时值非常小是否合理,其结构完全相同分子为何在不同软件下差异这么大?

pysoc及orca计算关键词和结果.txt

6.57 KB, 下载次数 Times of downloads: 6

gaussian.log

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orca.out

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发表于 Post on 2025-7-3 14:11:51 | 只看该作者 Only view this author
是这样的,我之前算过一个蒽,orca算出的SOC就是0,找不到原因

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发表于 Post on 2025-7-3 17:17:04 | 只看该作者 Only view this author
感觉pysoc的结果不太合理,卟啉的前几个激发态都是pi-pi*激发态,SOC不太可能好几十。检查分子结构有没有问题(例如是不是漏粘贴了一个原子),坐标单位是否正确,是否收敛到了正确的波函数,高斯和ORCA的激发能和振子强度是否相符,等等。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2025-7-3 17:17:42 | 只看该作者 Only view this author
ffcc 发表于 2025-7-3 14:11
是这样的,我之前算过一个蒽,orca算出的SOC就是0,找不到原因

可能根据对称性本来就是0
注意实验上能看到ISC不代表SOC不是0,因为可能有Herzberg-Teller效应的贡献
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-4 10:09:05 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-7-3 17:17
感觉pysoc的结果不太合理,卟啉的前几个激发态都是pi-pi*激发态,SOC不太可能好几十。检查分子结构有没有问 ...

非常感谢老师的回复!我高斯和orca采用的初始结构均为gaussian优化收敛后的结构,可能不是结构问题。激发能两者几乎一致,感觉也没什么问题。
问题:如果出现激发能量差异过大,这个可能是什么情况导致的,该如何解决呢。如果差异不大,还有什么其他的排查办法呢。
我已将orca和Gaussian输出文件付在帖子中。

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发表于 Post on 2025-7-4 10:57:43 | 只看该作者 Only view this author
呆瓜 发表于 2025-7-4 10:09
非常感谢老师的回复!我高斯和orca采用的初始结构均为gaussian优化收敛后的结构,可能不是结构问题。激发 ...

先用很小的、激发态没有近简并性的体系(例如甲醛)验证pysoc和ORCA的SOC是否相符,然后逐步扩大体系,看什么结构因素会触发两者的SOC差得很多
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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鸩羽

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发表于 Post on 2025-7-4 12:18:57 | 只看该作者 Only view this author
ffcc 发表于 2025-7-3 14:11
是这样的,我之前算过一个蒽,orca算出的SOC就是0,找不到原因

ORCA手册上专门把蒽作为小soc大kisc的例子
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

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鸩羽

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发表于 Post on 2025-7-4 12:27:39 | 只看该作者 Only view this author
我记得pysoc是zeff方式计算soc的? 这样搞不好是pysoc的有效电荷不合适引起的 把锌撇掉试试看符不符合
某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-4 22:40:14 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-7-4 10:57
先用很小的、激发态没有近简并性的体系(例如甲醛)验证pysoc和ORCA的SOC是否相符,然后逐步扩大体系,看 ...

明白了,我这就排查下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-4 23:11:01 | 只看该作者 Only view this author
wal 发表于 2025-7-4 12:27
我记得pysoc是zeff方式计算soc的? 这样搞不好是pysoc的有效电荷不合适引起的 把锌撇掉试试看符不符合

非常感谢同学的回复!确实是用的zeff,但我看卢老师贴子写的加入了d、ds族过渡金属的有效电荷,所以zn应该已经加入了,这个应该不会有问题吧

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