两个π-自由基形式的结构如何获得二聚体？

18392667184 · 发表于 Post on 2025-7-3 16:16:05

如题所问，本人想要获得类似于下图结构的自由基形成共轭体系的二聚体，但是不知道如何获得。尝试采用xtb在三重态下进行分子动力学模拟，获得的结构如下图右。
请问大佬们有没有推荐的程序或者方法获得非键作用的自由基二聚体形式。

文献来自：10.1002/chem.201804598

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-7-3 16:55:41

改用更高理论级别即可

18392667184 · 发表于 Post on 2025-7-3 17:28:20

wzkchem5 发表于 2025-7-3 16:55
改用更高理论级别即可

老师还是xtb吗 gfn2可以吗

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-7-3 17:29:49

18392667184 发表于 2025-7-3 17:28
老师还是xtb吗 gfn2可以吗

这么小的体系没必要不用DFT
比如wB97X-D3/def2-SV(P)，加gCP校正

18392667184 · 发表于 Post on 2025-7-3 17:48:45

wzkchem5 发表于 2025-7-3 17:29
这么小的体系没必要不用DFT
比如wB97X-D3/def2-SV(P)，加gCP校正

老师您的意思是用orca跑动力学来获得如此构象吗我目前还没有得到一个非键作用的二聚体一个π-自由基是42个原子两个是84个原子只有C H元素

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-7-3 18:04:28

18392667184 发表于 2025-7-3 17:48
老师您的意思是用orca跑动力学来获得如此构象吗我目前还没有得到一个非键作用的二聚体一个π-自由基是 ...

哦你说做构象搜索啊，那可以用GFN-FF，虽然级别比xtb低，但起码不该成键的地方不会成键

18392667184 · 发表于 Post on 2025-7-4 10:22:50

wzkchem5 发表于 2025-7-3 18:04
哦你说做构象搜索啊，那可以用GFN-FF，虽然级别比xtb低，但起码不该成键的地方不会成键

老师，按照您说的，采用gfnff获得了两个自由基二聚的形式结构，如下图。进一步进行结构优化时应该是用几重态呢？再高精度的算单点能时，又是采用几重态呢？
opt：wB97X-D3BJ def2-SVP sp：wB97M-V def2-TZVP 方法级别可以吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-7-4 10:52:05

18392667184 发表于 2025-7-4 10:22
老师，按照您说的，采用gfnff获得了两个自由基二聚的形式结构，如下图。进一步进行结构优化时应该是用几 ...

单重态和三重态分别优化。取能量较低的。其中单重态注意做broken symmetry

18392667184 · 发表于 Post on 2025-7-4 11:21:20

wzkchem5 发表于 2025-7-4 10:52
单重态和三重态分别优化。取能量较低的。其中单重态注意做broken symmetry

好嘞谢谢王老师

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[新手求助] 两个π-自由基形式的结构如何获得二聚体？