使用pdb2gmx命令时，如何设置没有预测到的残基的质子化状态

BerlinMou · 发表于 Post on 2025-7-3 16:35:58

我先使用了H++预测了在pH=5下氨基酸残基的质子化状态，如下图

然后在 gmx pdb2gmx -f beta_LG_5-1.pdb -o protein.gro -p topol.top -ignh -inter命令指定每个氨基酸残基的质子化状态，然后有以下3个问题想要询问：
① H++并没有提供谷氨酰胺的pKa结果，那谷氨酰胺这里应如何选择质子化状态？

②对于组氨酸，如何确定是在ND1还是NE2的质子化？

③最后结束时，二硫键的建立是默认要加上吗？

beyond · 发表于 Post on 2025-7-3 18:13:43

H++ 对于pKa的预测也只是经验性的，准确性并不算太高，作为参考就好。。。

最好还是要要在可视化的软件里仔细检查氢键等情况，再确定。。。特别对于His是 HID 还是HIE
像二硫键，合理不合理，根据距离，检查一下，就可以判断的。。。
而Gln，大部分情况下都是中性的。。。

BerlinMou · 发表于 Post on 2025-7-4 17:29:46

beyond 发表于 2025-7-3 18:13
H++ 对于pKa的预测也只是经验性的，准确性并不算太高，作为参考就好。。。

最好还是要要在可视化的软件 ...

晓得了！十分感谢！！

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