md结束后小分子的结构发生变化

momo123 · 发表于 Post on 2025-7-4 01:10:40

正常的小分子两个原子没有连接起来，但跑完就连起来了。小分子结构发生变化的结果是否还可信？请问有人知道是什么原因导致的吗

正常

变化

KanbeKotori · 发表于 Post on 2025-7-4 01:57:09

vmd显示效果而已，实际并没有成键，你也可以删掉这个原子间的连接显示。
缩成这样应该是因为你做拓扑时带了相关的键角或二面角项，如果这是你想要的，就没问题。

pal · 发表于 Post on 2025-7-4 09:02:30

看起来这里应该是个C=N，估计是力场有问题，没有当成C=N

CrysW555 · 发表于 Post on 2025-7-4 09:39:16

可能需要检查一下小分子的原子类型归属

momo123 · 发表于 Post on 2025-7-4 23:41:29

KanbeKotori 发表于 2025-7-4 01:57
vmd显示效果而已，实际并没有成键，你也可以删掉这个原子间的连接显示。
缩成这样应该是因为你做拓扑时带 ...

是的，谢谢大家回复，这应该是两个原子靠太近了，所以vmd显示有问题。用Avogadro看小分子是正常的。

sobereva · 发表于 Post on 2025-7-5 08:01:00

仔细阅读
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

ARG侧链末端这个部分应该保持大致平面，如果动力学过程中偏离平面过于明显，可能是力场有问题

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[Amber] md结束后小分子的结构发生变化