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[GROMACS] 求助:使用虚拟墙后分子在wall处排列

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请问各位老师,设置了虚拟墙后为什么在模拟过程中,右侧分子(庚烷)在接触墙后没有被反弹回来,而是分子链伸直并整齐排列了(如结束图片所示),像是被墙吸上了?左侧水分子则没有这个现象。
如何避免这个现象呢,修改墙的参数吗怎么修改呢?

初始.jpg (602.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 148)

模拟初始

模拟初始

结束.jpg (599.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 147)

结束

结束

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发表于 Post on 2025-7-9 06:12:49 | 只看该作者 Only view this author
如果当前的WALL原子类型体现了wall和庚烷的色散吸引作用,wall就不仅仅起到互斥的作用了。若要纯粹起到互斥作用应当把WALL的C6参数设为0
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-9 16:51:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-9 06:12
如果当前的WALL原子类型体现了wall和庚烷的色散吸引作用,wall就不仅仅起到互斥的作用了。若要纯粹起到互斥 ...

谢谢老师。另外,请问老师,此现象是否会对体系总能量参数和界面张力的计算结果有影响呢?

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发表于 Post on 2025-7-9 22:55:10 | 只看该作者 Only view this author
baixiaoxuan 发表于 2025-7-9 16:51
谢谢老师。另外,请问老师,此现象是否会对体系总能量参数和界面张力的计算结果有影响呢?

多多少少会有
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