关于碳纳米管复合物模拟及RMSD分析的问题

xzeli

1.像图a这样，碳纳米管作为主体，共轭聚合物作为配体，最终形成的复合物在做 gmx -trjconv 的时候，是只有主体移动到system中间还是复合物移动到中间呢？
2.对主体和配体做RMSD分析，发现始终无法达到平衡状态，这种情况是与退火的最终温度（300K）过高有关吗？
3.假设单链无法与碳纳米管形成稳定结构，那文献里的构象图是否可以认为是随便截取的一帧呢

sobereva

那不叫配体（ligand），而应该叫客体（guest）

管子内径不小，而聚合物又有一定可变型性，而且管子和聚合物有没有较强相互作用能明显束缚聚合物的结构，因此在温度不很低的情况下聚合物的RMSD不可能最终稳定不变。文献里就是随便给出一帧

xzeli

sobereva 发表于 2025-7-9 05:48
那不叫配体（ligand），而应该叫客体（guest）

管子内径不小，而聚合物又有一定可变型性，而且管子和聚 ...

明白，谢谢社长解答。