MCPB建立的金属离子蛋白-小分子拓扑立场进行限制性动力学时频繁报错

SUOLQWEE · 发表于 Post on 2025-7-10 18:09:31

我在模拟一个锌离子蛋白和小分子配体的体系时，使用MCPB构建立场（sob老师的sobtop虽然做这步简单，但是没有系统的教程，本小白上手有点困难），将立场转换为gromcas后，直接进行能量最小化（使用两步）和限制性动力学，在进行限制性动力学时频繁报错（One or more water molecules can not be settled或too many lincs warning等），尝试修改mdp文件参数等多种方法均无法解决，故求助各位前辈给出建议，我建立好的gro文件和top文件以及用到的em.mdp和pr.mdp见附件。

另外，对于MCPB构建金属离子蛋白立场的操作我有一些疑问：
1.如果小分子配体的羟基氧和锌离子配位，是否应该删除氧上的氢？我目前是这么做的，使得小分子少一个氢带-1电荷，并以此为基础开展几何优化、频率计算和RESP电荷计算，都没出现问题。
2.MCPB建立的立场文件中已经设置了水盒子并添加了离子，在gromcas中应该不需要添加水盒子和添加离子、中和电荷步骤了吧？
3.MCPB建立的立场文件，转换为gromacs格式后还需不需要对蛋白和小分子进行限制势？我的理解是MCPB过程中已经对小分子和蛋白进行了构象限制，不需要做这步，因此我将pr.mdp中的define设为none或者空白，会不会有问题？
恳请各位前辈指点迷津。

em1.mdp (1016 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

em2.mdp (1013 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

test-Y13-ZN.zip (734.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

pr.mdp (666 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

student0618 · 发表于 Post on 2025-7-12 02:43:50

本帖最后由 student0618 于 2025-7-12 02:47 编辑

注意Amber和gromacs支持的pbc盒子形状不同，非cubic最好strip走没metal coordination的水和离子重新editconf和solvate(或者mcpb的leap文件删除相关solvatebox/solvateoct/genion语句。

MCPB是建立metal coordination成键参数和RESP charge fitting，就是加个non-standard residue，不是限制势。
一般加restraint的equilibration(pr)与MCPB.py方法无关。

SUOLQWEE · 发表于 Post on 2025-7-12 14:51:34

student0618 发表于 2025-7-12 02:43
注意Amber和gromacs支持的pbc盒子形状不同，非cubic最好strip走没metal coordination的水和离子重新editcon ...

多谢回复！那理论上来说最好是再重新添加一个cubic或者更改leap文件。至于限制势，我理解是后续可以不加，直接跑，如果要加只能自己写一个小分子的itp。

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