NAMD软件如何安装在集群中

wenhuidou

我想通过SSH端口来安装namd软件，有人可以指导我一下吗

霜晨月

可以参考一下这篇文章：

http://muchong.com/html/201403/7133870.html
【经验帖】NAMD的MPI并行配置和运行
NAMD 2.9是一个非常好的分子模拟程序，深受本虫的喜爱，但是为了让这个家伙进行多节点并行，本虫断断续续花了将近好几天终于在最近搞定了。
当然，如果你不需要进行多节点的并行，只需要单机并行，直接下载multicore版本预编译好的NAMD即可。
之前，本虫用的超算上面，NAMD 2.9 都是别人已经编译安装好的并行版本，直接写脚本调用就是。但是，如果你自己有集群，或者你所在的教研室有集群，那么就需要你自己配置编译了。
注意：整个编译配置过程不需要最高权限，所以假如你没有最高权限的账户，也是可以完成编译安装的。
* 首先，我们要确保集群上已经安装了Open MPI, 怎么看有没有装呢？
使用
      which mpiexec
或者
       which mpirun
看看有没有反馈出来路径,如果有就是已经安装了，如果木有，就是还没安装，需要额外的安装步骤，此处不做赘述。
* 确认我们的集群上已经有Open MPI之后，我们要开始NAMD的编译了。首先第一步就是从NAMD的UIUC大学的官网下载源代码包，然后按照其中的notes.txt进行操作。为了最大程度的减少大家的操作难度，这里我们把步骤都写出来：
  
tar xzf NAMD_2.9_Source.tar.gz   
cd NAMD_2.9_Source  
tar xf charm-6.4.0.tar   
cd charm-6.4.0
其中NAMD_2.9_Source.tar.gz 是我们下载下来的安装包
然后继续：

env MPICXX=mpicxx ./build charm++ mpi-linux-x86_64 --with-production
cd mpi-linux-x86_64/tests/charm++/megatest
make pgm
mpirun -n 4 ./pgm   
cd ../../../../..
接着下载一些必须的库

wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... linux-x86_64.tar.gz
tar xzf fftw-linux-x86_64.tar.gz
mv linux-x86_64 fftw
wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... linux-x86_64.tar.gz
wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/ ... _64-threaded.tar.gz
tar xzf tcl8.5.9-linux-x86_64.tar.gz
tar xzf tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded.tar.gz
mv tcl8.5.9-linux-x86_64 tcl
mv tcl8.5.9-linux-x86_64-threaded tcl-threaded
mv这两行是将两个文件夹改名。
下面是设置3个文件中变量的值，
现在我们应该还是在NAMD_2.9_Source这个文件夹内。
将Make.charm中CHARMBASE的值设置为charm-6.4.0这个文件夹的全路径（包括此文件夹本身）,比如~/Desktop/NAMD/charm-6.4.0
将arch/Linux-x86_64.fftw中第一个路径设置为fftw这个文件夹的全路径
将arch/Linux-x86_64.tcl文件中的第1、2个路径分别设置为tcl和 tcl-threaded的全路径
设置完毕后，进行编译前的配置：

./config Linux-x86_64-g++ --charm-arch mpi-linux-x86_64
cd Linux-x86_64-g++
然后进行编译

make
然后进行测试，

./namd2
./namd2  src/alanin
到这里算是安装好了NAMD，下面进行并行测试，
首先建立一个hosts.txt文件，让MPI知道哪些节点上有资源：
hosts.txt:
node1
node2
假设这两个节点都有12个线程可以使用，我们可以一共用24个线程，下面我们使用这样的命令：

mpiexec -np 24 -machinefile /path/to/hosts.txt  /path/to/NAMD_2.9_Source/Linux-x86_64-g++/namd2 +isomalloc_sync /path/to/conf.conf > /path/to/out/log
这样应该就可以运行了。
如果你正在被NAMD的并行问题困扰着，希望这个帖子对你有帮助。
我在这里发布了英文版的这个帖子，如果虫友在这里没有看懂，可以前往此处看一下详细的内容。
http://ywtao.pancakeapps.com/How-To-Compile-NAMD-MPI-Version.md
smutao
2014/03/18

邓苏微

您好，请问用NAMD软件做课题，需要购买版权吗？如果我们做完课题要准备发文章的话。