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[GROMACS] 关于有机小分子如何获取力场文件和水模型的选择

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各位小哥哥,各位大佬们,我最近又遇到了一个问题,想请教一下大家呀~

是这样的,
我想模拟一个有机小分子,在我的体系中是丙酮酸分子,研究它从真空进入水slab中的PMF曲线,最近刚接触GMX,目前是个新手小白~

第一个问题,我不知道怎么获取丙酮酸分子的相关力场文件,目前搜到LigParGen网站似乎可以做这件事,但我不清楚是否还有更好的方法。

第二个问题,我不太了解应该用哪个水模型,目前看文献中用到的普遍是TIP3P模型,但导师问我,你如何证明使用这种非极化水模型的正当性

特别是对于第二个问题,我不知道该怎么回答导师才能有比较好的说服力。

请问各位小哥哥,各位大佬们,能否给我的问题提供一些建议和帮助呢?非常感谢大家!



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发表于 Post on 2025-7-11 02:04:13 | 只看该作者 Only view this author
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html

最推荐sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生小分子的GAFF或GAFF2力场的拓扑文件,结合Multiwfn计算的RESP或RESP2(0.5)原子电荷。水可以用十分主流的SPC/E,或更好的OPC。强烈不推荐TIP3P

根本没有“非极化水模型”这种概念。TIP3P属于不可极化水模型。
SPC/E比TIP3P强多了,四点水模型比SPC/E更好

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)非常详细讲水模型部分的幻灯片了解不同水模型的好赖:





北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-11 05:22:14 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢站长大大的指正和帮助,但这些水模型再好,都属于不可极化水模型,我该如何回答导师关于在我的体系中,丙酮酸分子从真空进入体相水,使用不可极化水模型的正当性的问题呢?

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发表于 Post on 2025-7-11 07:31:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-11 02:04
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266(http://bbs.keinsci.com/thread-428-1- ...

sob老师,我想借着楼主的贴子问您一下。最近公社里有人分析了Amber19SB的文件,请问对于这个力场来说模拟蛋白质体系的时候,用什么水模型更好呀,OPC3是最好的三点水模型,那有没有必要用计算量更大的OPC呢?而且我记得之前说过Amber14SB有一些误差但是可以恰好被TIP3P水模型抵消,那么19SB再用具有误差的TIP3P是不是就不太合适了呢?谢谢老师

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发表于 Post on 2025-7-11 07:56:38 | 只看该作者 Only view this author
gingaorb 发表于 2025-7-11 05:22
非常感谢站长大大的指正和帮助,但这些水模型再好,都属于不可极化水模型,我该如何回答导师关于在我的体系 ...

用可极化水模型原理上当然更好,但是通常需要高得多的计算量,而且很多程序都没法用。对于当前的问题,用可极化水模型的必要性并没有非常高。
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发表于 Post on 2025-7-11 07:57:50 | 只看该作者 Only view this author
tptp 发表于 2025-7-11 07:31
sob老师,我想借着楼主的贴子问您一下。最近公社里有人分析了Amber19SB的文件,请问对于这个力场来说模拟 ...

看AMBER19SB力场原文,明确说了最适合搭配的水模型。
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