淀粉与小分子在超临界二氧化碳条件下的动力学模拟，如何组合拓扑文件

weifang · 发表于 Post on 2025-7-11 15:40:44

各位大佬们，求助

在做淀粉与小分子在超临界二氧化碳条件下的动力学模拟，淀粉的拓扑文件用ambertools的glycam力场生成，小分子与二氧化碳的拓扑文件由charmm36力场生成，现在已向含有淀粉与小分子的盒子中填充了二氧化碳分子，如何将三者的拓扑文件整合到一起用于之后的能量最小化以及NVT和NPT平衡

student0618 · 发表于 Post on 2025-7-11 16:52:01

Amber系列和CHARMM系列不可混用。

weifang · 发表于 Post on 2025-7-11 17:03:02

student0618 发表于 2025-7-11 16:52
Amber系列和CHARMM系列不可混用。

所以我这样用力场是做不成的是吗，大佬建议怎么做那

student0618 · 发表于 Post on 2025-7-11 18:15:38

本帖最后由 student0618 于 2025-7-11 18:38 编辑

全用Amber力场(小分子用GAFF/GAFF2)，CO2找找文献有没有适用Amber style的力场，建议用Amber力场更便捷。

或者是全都用CHARMM力场。

选好力场后按适当顺序Include各种文件，论坛或sobtop都有很多示例，先试试。

weifang · 发表于 Post on 2025-7-11 20:27:02

student0618 发表于 2025-7-11 18:15
全用Amber力场(小分子用GAFF/GAFF2)，CO2找找文献有没有适用Amber style的力场，建议用Amber力场更便捷。
...

好的好的，谢谢大佬，我尝试一下

sobereva · 发表于 Post on 2025-7-12 00:46:21

glycam、AMBER、GAFF这些都是完全兼容的，所以你用glycam的时候对于普通有机小分子自然应该先想到GAFF（或GAFF2）
至于像CO2这种微型又极为重要的分子，就像水分子一样早就有一堆专用力场，要追求精度自然应当用专用力场，在本论坛里搜，都有现成的拓扑文件。CHARMM36是生物分子力场，和模拟CO2根本八竿子打不着。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 淀粉与小分子在超临界二氧化碳条件下的动力学模拟，如何组合拓扑文件

浏览过的版块