gmx_MMPBSA计算小分子化合物与蛋白质时，ΔEEL 数值非常大

wula

使用gmx_MMPBSA Version=1.6.4 based on MMPBSA.py v.16.0计算计算小分子化合物与蛋白质时，有些结合能太大了，这正常？

Energy Component       Average     SD(Prop.)         SD   SEM(Prop.)        SEM-------------------------------------------------------------------------------
ΔBOND                     0.00          7.29       0.00         0.09       0.00
ΔANGLE                    0.00          7.39       0.00         0.09       0.00
ΔDIHED                   -0.00          3.03       0.00         0.04       0.00
ΔUB                       0.00          0.00       0.00         0.00       0.00
ΔIMP                      0.00          0.00       0.00         0.00       0.00
ΔCMAP                     0.00          0.00       0.00         0.00       0.00
ΔVDWAALS                -49.71          0.77       4.23         0.01       0.05
ΔEEL                   -401.82          8.68      38.45         0.11       0.47
Δ1-4 VDW                  0.00          6.17       0.00         0.08       0.00
Δ1-4 EEL                  0.00          0.65       0.00         0.01       0.00
ΔEPB                    423.05         12.14      40.62         0.15       0.50
ΔENPOLAR                 -4.22          0.00       0.29         0.00       0.00
ΔEDISPER                  0.00          0.00       0.00         0.00       0.00

ΔGGAS                  -451.53          8.72      39.59         0.11       0.48
ΔGSOLV                  418.83         12.14      40.49         0.15       0.50

ΔTOTAL                  -32.70         14.95       4.67         0.18       0.06
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sobereva

必须根据小分子和蛋白质相互作用特征判断，什么前提都没有，光给个数值毫无意义
诸如小分子和蛋白有一大堆显著氢键、盐桥作用，真空下静电相互作用能自然会很大