多链结构的蛋白质+化合物进行分子动力学模拟；发现RMSF断开

wula · 发表于 Post on 2025-7-12 01:48:17

多链结构的蛋白质+化合物进行分子动力学模拟；发现RMSf断开

student0618 · 发表于 Post on 2025-7-12 02:36:19

只有一张图较难猜哦。

用的指令是什么？选的index group？结构文件的residue number？

tptp · 发表于 Post on 2025-7-12 07:58:56

你蛋白氨基酸序号是断开的。你自己打开你蛋白的pdb文件看看就知道了，显然氨基酸序号在200左右结束，然后下面紧接着是700左右开始，中间的氨基酸没有。要么你把两条链分开展示，要么你自行把氨基酸编号捋顺，但是就是会改变氨基酸编号。

wula · 发表于 Post on 2025-7-12 11:57:08

student0618 发表于 2025-7-12 02:36
只有一张图较难猜哦。

用的指令是什么？选的index group？结构文件的residue number？

gmx rmsf -s md_0_1.tpr -f md.xtc -res -o pic.rmsf.xvg
> 选择 1 ("protein")

wula · 发表于 Post on 2025-7-12 12:12:32

蛋白是双链蛋白，其gro文件也是缺失中间200-700.

student0618 · 发表于 Post on 2025-7-12 14:20:53

其实不想折腾的话，excel重排rmsf xvg文件residue ID来绘图就好。

wula · 发表于 Post on 2025-7-12 16:30:49

student0618 发表于 2025-7-12 14:20
其实不想折腾的话，excel重排rmsf xvg文件residue ID来绘图就好。

谢谢，太喜欢你的这句话了---敬仰一针见血的指责，厌倦别有用心的赞美。

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[GROMACS] 多链结构的蛋白质+化合物进行分子动力学模拟；发现RMSF断开