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本人是纯小白一个，根据论坛里的帖子和sob老师的教程摸爬滚打把MCPB.py建立金属离子蛋白拓扑立场并进行动力学模拟的全流程走过了一遍，期间深深的感受到了没有计算化学基础真实寸步难行，但是为了快速出数据也只好硬着头皮先做，下面是我在做的过程中遇到的问题以及解决方法，希望能给大家带来启发，一些错误的方法和写法也恳请各位前辈指正。后续学习了sobtop方法后也会整理出遇到的问题来和大家一起讨论。
一、MCPB.py的使用 1.小分子配体的处理 如果你要研究的体系中有小分子配体，即想要研究小分子—蛋白相互作用等，那么小分子的处理一定要慎重。如果小分子的结构等有问题，不仅会影响MCPB的计算，同样形象高斯进行几何优化、频率计算、RESP电荷计算 （1）小分子的提取和重命名：小分子可以直接总复合物的pdb文件中提取出，这里不展开了，但是要注意的是，最好能在这一步通过pymol等软件或者文本编辑器给小分子命名，因为我使用的是分子对接结果，对于小分子没有做命名和定义，最好改一下，并且后续小分子的pdb、mol2文件都沿用这个名字。 （2）小分子的原子序号：对于小分子来说，C、H、O的原子序号可能是重复的，例如C全都是C，要使用文本编辑器改成C，C1，C2这种形式，否则后续MCPB会识别不出来。 （3）小分子的加氢：官方教程推荐用reduce，但是我感觉不太好用，而gaussview加的氢会有编号问题（1HA1,2HA1等，数字在前，MCPB不识别），我使用的办法是用pymol加氢。PS：一定要记好加氢后的文件是哪个，后续以这个为基础进行计算模拟，要不然高斯计算很难收敛！！！ （4）小分子的删氢：小分子和金属离子如果发生配位，例如羟基氧或者氨基氮，要删除一个H，用于和金属离子配位，这需要使用能分析的配位键的可视化工具确认。另外，如果通过文本编辑器不好确认是哪个氢，最好就用gaussview打开pdb文件，点击那个要删除的氢原子，右键select，右键edit->delete。 （5）创建mol2：使用antechamber创建mol2文件时，如果你在此前删除了氢原子，那么电荷数一定要改成-1！（具体根据你删除了几个氢来定）。另外，建立完的mol2文件一定一定要检查结构！例如，删除氢的氧负离子是否成了双键、苯环成键是否合理，等等等等...可以通过使用文本编辑器修改成键信息进行调整，这对结构优化的计算很重要！！可能会造成SCF、几何优化难收敛的问题。
2.金属离子的处理 （1）金属离子的pdb也是通过复合物中提取得到的，要通过文本编辑器修改金属离子为大写（能识别的，例如我研究的Zn要改为ZN，具体可能需要自己去查一下），否则MCPB会报错不能识别原子类型。 （2）如果识别不了metalpdb2mol2指令，那么就找一下metalpdb2mol2.py这个文件放在哪里，通过python直接启动即可。
3.蛋白质文件的处理 （1）蛋白质的加氢：蛋白质的加氢官方推荐使用web H++，在使用时我频繁在加氢过程报错，经过排查后可以首先在web H++的设置界面中取消勾选correct，如果还是不行，就把提交的蛋白质文件中氢全部删掉，再重新提交试试。 （2）蛋白质的删氢：一定要确认蛋白质是哪个残基哪个原子和金属离子配位，并检查加氢后的文件上面有没有氢，如果有要删除，并且更改残基的类型（例如，HIP删除氢改为HID）。这一步做错也会影响后续的计算和模拟。
4.MCPB.py的使用 （1）MCPB输入文件（.in结尾）的编写：这其中要注意有一项原子编号，要写离子的原子编号，而非其他。 （2）MCPB.py -i MCPB.in -s 3：这一步如果报错，很大概率是小分子的C、H、O编号问题，需要手动修改fingerprint文件和其他相关pdb、mol文件。 （3）tleap -s -f tleap.in > CAY13_tleap.out：这一步如果成键报错，可以仔细排查tleap输入文件中 二、高斯计算 基组和泛函的选择以及相关参数可以参考社长的文章和论坛里的帖子，MCPB默认给的不一定合适。 等等... 如果发现穷尽各种办法无法收敛或者报错，那么很大可能是是前面的小分子或者蛋白文件处理的有问题，需要仔细排查有没有问题。
三、gromcas模拟 （1）在tleap步骤中，默认使用amber14SB立场或者amber19SB立场，而这两个gromacs是不自带的，需要自己安装，否则模拟会报错。 （2）对于转换完成的立场，需要重新创建水盒子，不然模拟也会报错，和water相关。 ... 其他暂时还没遇到其他问题，欢迎大家一起来讨论；如果有哪方面的用词不够准确，还希望各位前辈多多指点！
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发表于 Post on 2025-7-14 18:56:15
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