求助：VESTA如何绘制一个体系中部分原子的差分电荷图

bling1121 · 发表于 Post on 2025-7-14 21:35:10

我用vesta只能绘制出整个完整体系的差分电荷密度图（见图1），但我只想看其中某几个原子之间的关系（像文献中图2那样），然后直接在vesta中删除原子的话，原子没了但它所属的电荷密度还在，想问下该怎么解决？

sobereva · 发表于 Post on 2025-7-15 05:51:17

这是格点数据层面的事，需要对格点数据进行处理。
做法之一是用Multiwfn的主功能5计算密度差格点数据（例如基于CP2K的molden文件计算），后处理菜单有一个9 Multiply all grid data by Hirshfeld weights of a fragment (can be used to only make isosurface around interested fragment visible)选项，输入感兴趣的区域的原子序号，则格点数据会乘上这个片段的Hirshfeld权重，这个区域以外的格点数据就被屏蔽掉了。之后直接观看等值面，或导出cub文件后用任何其它可视化程序观看等值面，就只剩那部分的了

例如这是金刚石晶胞的变形密度图，只保留了靠晶胞中央的57、58原子的片段部分，可以清楚看出这俩原子之间由于成键造成的电子密度增加

bling1121 · 发表于 Post on 2025-7-15 14:41:49

sobereva 发表于 2025-7-15 05:51
这是格点数据层面的事，需要对格点数据进行处理。
做法之一是用Multiwfn的主功能5计算密度差格点数据（例 ...

好的感谢，我试试

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