请教关于MD重复性审稿意见的回复

土拔鼠 · 发表于 Post on 2025-7-15 09:14:27

投了一篇2区的论文模拟体系是蛋白质+溶剂环境主要讨论蛋白质在不同环境下的差异论文以实验为主模拟为辅其中MD的模拟时间是200 ns 一共5个对比的体系
审稿人要求每条单独的体系要把模拟时间延长到1000 ns 并且每个体系进行3次的重复我们接受了审稿人的建议后发现每个体系3次重复模拟之间结果一致性比较差有一个平行模拟不能很好的支持实验结果请教一下各位老师类似这种体系是否有必要进行3次平行另外考虑到时间的模拟结果如何礼貌的回复审稿人只延长单次模拟时间（由200ns延长到1000ns）而不进行3次平行谢谢

thor · 发表于 Post on 2025-7-15 10:23:29

多模拟几次看看先

student0618 · 发表于 Post on 2025-7-15 10:58:07

如2楼所说只能再重覆几遍看看或投其他了。

不只审稿人，有期刊也是这样要求的，如JCIM(见https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jcim.3c00599)。不过投的时候编辑便会直接拒稿。

sobereva · 发表于 Post on 2025-7-16 11:36:19

审稿人的做法无可辩驳。你当前的结果确实也已经发现了模拟结果的明显偶然性。应该多模拟几次，给出个统计性的结论

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