求助MS计算气体在MOF中的扩散能垒，遇到了一些问题

1773525076 · 发表于 Post on 2025-7-15 19:49:07

大家好，有个问题想请教一下：

我想请教一下计算气体分子在MOF中的扩散能垒的方法和步骤之前是参考了一篇文献用MS算的其计算条件贴在下面了我和他是结构类似的MOF 就采用了他的计算条件但遇到了一些问题

首先是对文献的计算过程的疑惑

（1）优化气体小分子，然后添加到孔道各位置——对这步不是很理解正常来说小分子在孔道内不应该优化出唯一位置吗？添加到各个位置的意义是什么？

（2）用dmol计算扩散能垒，是用晶体结构还是用部分孔道，就像他文中图形画的模型？——我尝试用扣出来的模型，发现根本没办法收敛

pal · 发表于 Post on 2025-7-15 20:38:54

1 分子放到孔道的不同位置都会优化到一个极小值点，选择多个不同初始位点类似于构型搜索
2 这个应该是在周期性边界条件下进行的，对应于MOF体相

1773525076 · 发表于 Post on 2025-7-16 08:09:54

pal 发表于 2025-7-15 20:38
1 分子放到孔道的不同位置都会优化到一个极小值点，选择多个不同初始位点类似于构型搜索
2 这个应该是在周 ...

感谢大佬解惑那我的始态和终态相当于都是自己放在不同位置进行优化后得到然后能垒再在这两种状态直接寻找过渡态不知道这样理解是否有问题

pal · 发表于 Post on 2025-7-16 09:44:24

1773525076 发表于 2025-7-16 08:09
感谢大佬解惑那我的始态和终态相当于都是自己放在不同位置进行优化后得到然后能垒再在这两种状态直接寻 ...

我觉得应该差不多，具体要看原文怎么写的

Aletyx · 发表于 Post on 2025-7-17 01:12:47

1. 对于孔道内吸附这类复杂问题，会有很多local minima，所以要尽量多的测试不同位点。也会有些文章用GCMC来找吸附位点
2. 作者估计是为了画图美观，实际计算应该还是用晶体的。如果单独切出来，势必要对边界原子做处理（比方说+H这些。）

1773525076 · 发表于 Post on 2025-7-17 14:03:27

Aletyx 发表于 2025-7-17 01:12
1. 对于孔道内吸附这类复杂问题，会有很多local minima，所以要尽量多的测试不同位点。也会有些文章用GCMC ...

明白了感谢大佬解惑刚开始接触MS 用的比较少

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