COF材料如何截取片段

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各位老师好，我现在对两种COF材料进行动力学计算，为了简化计算，COF材料就只截取一个孔的结构，然后我现在的问题是，我现在有两种COF，一种是碳氮双键连接，一种是碳氮单键连接的，这两种都是把N那一部分去掉，然后C用氢补齐吗？
           

Novice

动力学计算是指基于分子力场的MD吧？如果这样的话，选取个体积合适的超胞，构建合适的周期性盒子，比截取片段模拟更合适吧？如果是AIMD的话，才需要做你说的截取考虑吧。
截取的话，都尽量从单键处截取比较合理，遇到双键的地方，就多取点原子往下顺延。