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[GROMACS] 使用sobtop计算cof的itp和top文件,跑npt过程时cof结构仍然会倾斜

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各位老师好,我使用社长的sobtop软件得到的COF材料在GAFF力场下的top和itp文件,sobtop提示缺失三个二面角信息,其中c2代表=CH2上的C,cc代表与=CH相连的六元环上的C,,然后我是把这三个二面角信息都用X -c2-cc-X的来代替,但是进行NPT过程,cof还是会从水平转变成倾斜,由于我想研究cof材料吸附水中的Hgcl2,所以希望cof能一直保持水平状态,然后Hgcl2运动,被cof吸附住。请问各位老师,这种倾斜是正常还是我对itp文件还是写的有问题?或者说需要对npt.mdp中进行限制才能使得cof一直保持水平?如果有做过cof的老师能帮我看看,我的问题出在哪里吗,谢谢了


itp.zip (42.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

npt.gro (429.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

box-sol.gro (279.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

TPS.top (422 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0) npt.mdp (1.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)




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发表于 Post on 2025-7-24 07:19:18 | 只看该作者 Only view this author
必须确保有跨盒子的bond项,否则成了孤立体系,自然会歪斜。这需要sobtop能识别出跨盒子的键,仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop里创建周期性拓扑文件的例子和相关详细说明。并且网页里也说了
在GROMACS里做此体系的动力学模拟的时候别忘了在mdp里要加上periodic-molecules = yes,这样GROMACS才能考虑跨盒子的力场项,否则当前体系从拓扑关系上会被当做一个孤立的环状体系看待。

没事别写fourierspacing        = 0.16
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-24 11:34:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-24 07:19
必须确保有跨盒子的bond项,否则成了孤立体系,自然会歪斜。这需要sobtop能识别出跨盒子的键,仔细看http:/ ...

老师,我在npt.mdp中添加了periodic-molecules = yes,并且也删除了fourierspacing        = 0.16,但是cof还是会倾斜。不过老师,我现在研究的cof是就是截取了一个孔道的结构来做模拟,而且我的盒子X,Y方向尺寸比我的cof尺寸要大,这样的话还会存在跨盒子的bond项吗。还是说,我应该在构建盒子时就把盒子X,Y方向设置地和cof的直径相近,然后再添加periodic-molecules = yes这个关键词吗 npt.gro (429.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)


npt.mdp (1.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)



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发表于 Post on 2025-7-25 14:51:04 | 只看该作者 Only view this author
。。。 发表于 2025-7-24 11:34
老师,我在npt.mdp中添加了periodic-molecules = yes,并且也删除了fourierspacing        = ...

显然当前盒子太大了,根本不满足COF的周期性。不能随便截出一个孤立的COF片段然后再额外加个盒子来计算,盒子必须直接对应于COF的晶胞(或超胞)的参数
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