模拟水结冰怎么在固定液态水区域插入规定浓度的氯化钙分子

sarphuart · 发表于 Post on 2025-7-26 15:02:16

本帖最后由 sarphuart 于 2025-7-26 15:05 编辑

各位老师好，最近在做水结冰的模拟，用的是sob老师培训班上的模板。建立浓度为 1 M CaCl2 氯化钙溶液，使用以下指令进行水替换成氯化钙
gmx grompp -f em.mdp -c ice_water.gro -p ice_water.top -o ions.tpr
gmx genion -s ions.tpr -o ice_water_ions.gro -p ice_water.top -pname CA -nname CL -conc 1.0
但是这也会将冰区域的水也替换成CaCl2分子（下图），我看了一下 gmx genion 手册指令，好像这个指令只能随机插入盐离子，请问各位老师有什么好的方法在固定液态水区域插入规定浓度的氯化钙分子

PS：尝试了之前各位老师建议，参考了文献在模拟中识别笼状水合物、六方冰、立方冰和液态水：CHILL+ 算法 |物理化学杂志 B，使用 OVITO Chill+ 和 VMD TC 脚本尝试将水和冰的残基名区分开来，再按残基名替换氯化钙（tcl文件），奈何自己设置的判定依据一直有问题没有区分成功，请各位老师指教

sobereva · 发表于 Post on 2025-7-26 15:05:39

先构造盐水溶液，再把冰的部分加上去。或者在VMD里用选择语句结合笛卡尔坐标范围选择冰的部分，用VMD的命令行对其修改残基名，然后保存成gro，再用gmx genion替换水的残基成为离子

sarphuart · 发表于 Post on 2025-7-31 20:51:27

sobereva 发表于 2025-7-26 15:05
先构造盐水溶液，再把冰的部分加上去。或者在VMD里用选择语句结合笛卡尔坐标范围选择冰的部分，用VMD的命令 ...

学会了，谢谢老师

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