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[VMD] 应用VMD如何对PDB文件中的原子和残基重新编号?

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如题,请教各位,谢谢!

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发表于 Post on 2025-7-31 07:27:16 | 只看该作者 Only view this author
我一般都是自己写python脚本处理这个问题

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3#
发表于 Post on 2025-7-31 12:52:06 | 只看该作者 Only view this author
用VMD tcl脚本处理,具体怎么重新编号取决于实际目的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-31 15:19:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 huhq 于 2025-7-31 15:22 编辑

可否提供个案例参考学习?谢谢了。

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发表于 Post on 2025-7-31 17:56:37 | 只看该作者 Only view this author
huhq 发表于 2025-7-31 15:19
可否提供个案例参考学习?谢谢了。

ai就可以办到,直接问就好了

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发表于 Post on 2025-7-31 19:11:07 | 只看该作者 Only view this author
不用vmd的话

UCSF Chimera 有GUI 工具renumber residues https://www.rbvi.ucsf.edu/chimer ... iting/renumber.html

PyMOL有指令renumber residues (pymol wiki https://pymolwiki.org/index.php?title=Alter&redirect=no)
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-31 22:28:47 | 只看该作者 Only view this author
多谢多谢!

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