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[新手求助] 计算多肽波函数时输入的多肽结构应该是两端不带电,还是氨基端带正电羧基端带负电

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楼主
我在做多肽和蛋白的动力学模拟时,将多肽的氨基端带正电(NH3+)羧基端带上了负电(COO-)。现在我想计算下单独多肽的ESP,请问输入的多肽结构应该是两端不带电,还是氨基端带正电(NH3+)羧基端带负电(COO-)呢?

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发表于 Post on 2025-7-31 10:23:34 | 只看该作者 Only view this author
正常情况下,应该是氨基端带正电(NH3+)羧基端带负电(COO-)。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-31 10:53:46 | 只看该作者 Only view this author
Minnong-121 发表于 2025-7-31 10:23
正常情况下,应该是氨基端带正电(NH3+)羧基端带负电(COO-)。

谢谢老师的指导,我想明确一下多肽做量子化学计算-能量优化的初始结构就应该是氨基端带正电(NH3+)羧基端带负电(COO-)吗

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发表于 Post on 2025-7-31 12:58:09 | 只看该作者 Only view this author
zzz111zzz 发表于 2025-7-31 10:53
谢谢老师的指导,我想明确一下多肽做量子化学计算-能量优化的初始结构就应该是氨基端带正电(NH3+)羧基端 ...

完全取决于体系处于什么环境。真空情况下两边不带电,中性水溶液环境下一边NH3+一边COO-。至于其它情况,结合化学知识判断该有的质子化状态
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-31 15:46:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-31 12:58
完全取决于体系处于什么环境。真空情况下两边不带电,中性水溶液环境下一边NH3+一边COO-。至于其它情况, ...

感谢sob老师的回复,我们是先在B3LYP /6-31G(d,p)对多肽分子进行结构优化,然后在M06-2X/def2-TZVP级别下对多肽进行单点能计算。进行结构优化和单点能计算的时候,都加了SMD溶剂模型,溶剂为水。这种情况是不是做量化前输入的初始结构就应该是氨基端带正电(NH3+)羧基端带负电(COO-)呢?

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发表于 Post on 2025-7-31 18:03:15 | 只看该作者 Only view this author
zzz111zzz 发表于 2025-7-31 15:46
感谢sob老师的回复,我们是先在B3LYP /6-31G(d,p)对多肽分子进行结构优化,然后在M06-2X/def2-TZVP级别下 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-31 20:20:35 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zzz111zzz 于 2025-7-31 20:39 编辑

谢谢sob老师的回复,我们作为新手得到您的指点真是太开心了。想再请教您一下:在B3LYP /6-31G(d,p)对多肽分子(100个原子左右)进行结构优化,然后在M06-2X/def2-TZVP级别下对多肽进行单点能计算,这个选择合理吗

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发表于 Post on 2025-8-1 12:50:41 | 只看该作者 Only view this author
zzz111zzz 发表于 2025-7-31 20:20
谢谢sob老师的回复,我们作为新手得到您的指点真是太开心了。想再请教您一下:在B3LYP /6-31G(d,p)对多肽 ...

可以,但B3LYP必须加D3
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-1 15:19:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-8-1 12:50
可以,但B3LYP必须加D3

收到,谢谢sob老师的指点

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