关于蛋白配体复合物模拟后RMSD和Rg波动大、配体位置改变以及复合物氢键数量作用的疑问

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老师们好，我对蛋白-小分子配体复合物进行100ns的模拟，对结果进行可视化后产生了以下疑问：
1. 蛋白与蛋白配体复合物RMSD基本重合（蛋白质与复合物RMSD选择backbone对齐，配体RMSD选择配体对齐），但是波动较大，且VMD查看轨迹后，发现配体在第8000帧左右移动到了另一个位置直至模拟结束，这是说明两者结合不稳定吗？

2. 蛋白质总体Rg看着稳定，但是在XYZ轴上却表现出较大的波动，这是因为蛋白质结构特别（末端类似尾巴，如RMSF所示末端原子波动较大）还是因为其他原因呢？

3. 用gmx hbond -s md_0_1.tpr -f md_0_1_nopbc.xtc -n index.ndx -num hbond.xvg -tu ns命令得到氢键数量，但是不太明白这个结果对说明复合物稳定性能起到什么作用？

刚开始学习分子动力学模拟，如果提供的信息不足，或者提出的问题属于缺乏基础知识，还请各位老师指出，感谢！

图1. VMD查看模拟后第一帧（蓝色）和最后一帧（10001帧，白色）配体位置


图2. 1~7900帧（蓝色）和8900~10001帧（白色）配体轨迹


图3. 蛋白结构


图4. 模拟后的配体、蛋白及复合物的RMSD，蛋白RMSF及Rg，蛋白配体复合物氢键

student0618

是复合物是实验结构还是docking出来再MD 的？

也要检查附近残基和配体的相互作用再作判断，是有可能有多于一个稳定的binding mode的。

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student0618 发表于 2025-8-3 00:19
是复合物是实验结构还是docking出来再MD 的？

也要检查附近残基和配体的相互作用再作判断，是有可能有多 ...

老师好，这个是用autodocking vina得到的产物再进行MD的，affinity是-9.115 kcal/mol，结果用PLIP查看，发现配体的一个羟基与TYR-444和TRY-407分别形成3.6和3.7Å的氢键，另一个羟基与VAL-65形成4.0Å的氢键。
那我现在这种情况是需要再往后模拟一段时间吗？