关于biphenylene network 建模问题

屁屁桶

想建一个联苯的模型 但是不知道能否从数据库导入还是直接绘制联苯烯网络的基本单元

https://science.sciencemag.org/content/372/6544/852
https://doi.org/10.1016/j.fuel.2023.129652
https://doi.org/10.1016/j.ijhydene.2024.07.275

Uus/pMeC6H4-/キ

从空间群看等效碳原子也就两个，根据晶胞参数和键长换算成分数坐标，在VESTA里搭一下也就两分钟不到的事情。c轴方向故意设成10埃是为了足够大而不代表最优层间距。
biphenylene_network.cif (1.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

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屁屁桶

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-8-14 15:32
从空间群看等效碳原子也就两个，根据晶胞参数和键长换算成分数坐标，在VESTA里搭一下也就两分钟不到的事情 ...

我把这个建模导入MS后进行扩胞 我想留下单层联苯 但是MAKE P1后发现整体都删除了

Uus/pMeC6H4-/キ

屁屁桶 发表于 2025-8-14 19:34
我把这个建模导入MS后进行扩胞 我想留下单层联苯 但是MAKE P1后发现整体都删除了

无论是建模还是计算，我都不用M$的。直接看cif文本文件就会发现里面只有两个碳原子，显然就已经是单层了，你看到的效果是因为(1)软件把碳原子放在盒子边界，且(2)软件把盒子边界上的原子显示在两端，而不是按实际组成只显示一个。另外用截屏代替拍照更好。

屁屁桶

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-8-14 21:03
无论是建模还是计算，我都不用M$的。直接看cif文本文件就会发现里面只有两个碳原子，显然就已经是单层了 ...

好的 非常感谢 我下次注意

Uus/pMeC6H4-/キ

屁屁桶 发表于 2025-8-15 10:18
好的 非常感谢 我下次注意

只需要回复一次就能让我看到消息了，还有要补充的直接编辑就好，不用重复发帖。

我已经说得很清楚了我做的这个文件里就是单层结构，为什么你还另外发个主题帖http://bbs.keinsci.com/thread-55164-1-1.html去问呢？请自行删除并把问题合并到此帖来问。

屁屁桶

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-8-15 10:54
只需要回复一次就能让我看到消息了，还有要补充的直接编辑就好，不用重复发帖。

我已经说得很清楚了我 ...

不好意思 因为我编辑了好几次删除不了之前没有回复你的感谢 所以就显示了好几遍 我以为你不用MS所以我又到MS去问了 我想问问为啥MS打开是双层的 要怎么样调才能是单层的 不好意思啊

Uus/pMeC6H4-/キ

屁屁桶 发表于 2025-8-15 11:15
不好意思 因为我编辑了好几次删除不了之前没有回复你的感谢 所以就显示了好几遍 我以为你不用MS所以我又 ...

在编辑帖子时先进入“高级模式”，再按这里说的方法就能删除了。

我不理解一个显示效果的问题为啥纠结这么久，如果我在4楼说的话有什么不清楚的可以直接问。我给你的.cif文件对应结构有且只有单层的两种碳原子，直接在这上面继续添加修改原子就行（实在搞不懂就说一说建模需求），别管软件是如何显示的，也别删除任何碳原子。

编辑：那个z坐标5.0确实是0.5打错了，但是不影响结论。无论z分数坐标是多少都实际只有一层，影响的只是层在c轴方向的位置，5.0和0.0应该是等效地把原子放在边界上了。

屁屁桶

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-8-15 11:29
在编辑帖子时先进入“高级模式”，再按这里说的方法就能删除了。

我不理解一个显示效果的问题为啥纠结 ...

已经删除了多余的回复了 再找怎么删除帖子的方法了已经 因为我是个完全的新手 就是想做这个东西 我们课题组资源只有MS 所以对建模不太懂 我刚刚试着下了vesta 将Z坐标改成了0.5后再导入MS后显示就只有一层了 因为我后续可能在这个上面修饰原子 我以为视觉上的双层可能会有影响   真的非常感谢你