可生成任意聚合度线形聚合物结构、拓扑以及电荷的在线程序

Xexhauster · 发表于 Post on 2025-10-9 17:20:05

求助 status显示success后，下载的all_results.zip里是空的，这是为什么
gAAAAABo53PsIAsBSiZgcwmhXKarzCLdX5Y288tU3hV4VL4lqQ5qQ1ax_9_k4mFZDN8x4aGk5ZYf5YpVmnsOIbwBVEyic0hpe7Uf6DorAloKo_q1E7cXRUBzTc8s-eVlEIz30AH-GTmi1J3AWDb7y7PFsQ1gA8vWbUboYU2sVu0X9kSUDYJY29LDhAXWBTg8NnbInS1i91IupHB1BSjvW7NRmGUzHYMM_Qp8eJhwgYQyQCjZNnQDDfTDRjW7M4yZIk7l9Hq5oFEQ3cHEUcabZ93MinP3nOwiqwZHLL0wtVRza8mls7fr7C3GYB1HQNvzJHcE9jTSb81cGQBP2f1LerMuX0NIXcNulJVx1x4wnT42vf0z0R_URe3B77wCsIzg5QULGCna6BZvV-x4dS3ITOCO80D-irho5tGXCjPuE_i6M72WkVKOQD8=

zhouhaifan · 发表于 Post on 2025-10-10 17:02:24

Xexhauster 发表于 2025-10-9 17:20
求助 status显示success后，下载的all_results.zip里是空的，这是为什么
gAAAAABo53PsIAsBSiZgcwmhXKarzCL ...

我也是今天下午提交的，状态显示成功了，但是下载出来显示是一个空的

牧生 · 发表于 Post on 2025-10-20 08:59:36

本帖最后由牧生于 2025-10-20 09:06 编辑

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请帮忙看一下，近日发现生成的聚合物的总电荷不太对劲。。

如上是我用9个不带电的丙烯酰胺和带1个带-1电荷的丙烯酸得到的无规聚合物，但是得到的总电荷为 +7.460962

白也 · 发表于 Post on 2025-11-3 16:19:19

今天简单使用了一下，挺不错

，有几个问题和建议：
1. 今天试的两个例子均出现了原子净电荷不为0的问题，1400左右原子大概会有5个电荷的偏差；
2. 可以添加个选项，不进行原子电荷计算，只输出结构（考虑到有些用户可能只需要结构），这样会降低不必要的机时消耗；
3. 考虑到聚合物这么大的体系，体系优化也没必要使用6-311G**这么大的基组，一般的6-31g*其实就可以，orca中的B97-3c方法是一个很好的选择，或者是xtb的GFN0-xTB方法。
最后，感谢大佬耗费精力做的网页

yuzc · 发表于 Post on 2025-12-5 14:14:48

王博，太好用了。诸如CMC-阴离子，聚离子液体等结构的无规共聚也能完全重现出所需要的partial charge。对称共轭位置上也是相等的电荷和同样的力场类型。
此外我完全同意楼上的一个建议，就是给出选项不计算电荷或给出快速的MMFF94电荷，同时保留RESP电荷计算时的大基组，高标准高精度。

archer · 发表于 Post on 2025-12-12 11:32:41

进入网页，为什么点击不了generate polymer

bubaixiji · 发表于 Post on 2026-3-11 13:39:12

本帖最后由 bubaixiji 于 2026-3-11 13:41 编辑

很好用，不过电荷有一点问题，我主要是用来生成聚合物结构的。
前几天还能用，但是今天（2026年3月11日）发现进不去了，不知道是因为更新还是什么

bubaixiji · 发表于 Post on 2026-3-11 21:34:22

bubaixiji 发表于 2026-3-11 13:39
很好用，不过电荷有一点问题，我主要是用来生成聚合物结构的。
前几天还能用，但是今天（2026年3月11 ...

晚上看，恢复了，应当是网页维护

K1ro · 发表于 Post on 2026-3-14 20:38:05

楼主，您好，想请教以下任务是由于网络连接所产生的失败吗？尝试聚合共聚维酮PVP VA64的结构，两个SMILES式子都使用了楼主所述的结构检查网站https://cleanenergymaterials.cn/autocompute/smilesdrawer，没有发现明显问题。
任务id:gAAAAABptUvKjSe1qEA0azobv3_ikcpJTzYZUrJfSOosSzsdQopsGwlAiKrdQ32EL5AjK6SwZvLstIAQNtgfhQFdBOmE2ElTGhZTGRQsfRXtveorBYFbscXBgI6QZpvkRjKzoNCG4xE1WcwlI2fgZtoJomell8vFnjju7SarX-GOY-VvyMVPpkNHu6Vhos07mqOi_3NKN3w2vuc7DIAIqanN5hqceZqgcfOgN4yTXIEtrX_T5TrjNS8xMtvDs8pEGN9cxzsaMpAukNIaPweve6gqwHK6UrEPzDA8AF-q9l1xEfkUOwQSuiLUXafPMjk6vzOcdm9BhpiJP_u3pQizUptyTb4g7zQHZW5TxDxJIu4Dv2DorCYR0CRaJvqCPyDXREFH6NFeydtzjk-GBie1qD5TIApkkH3aC5Ou3LxhC642s-5Eptx_xCs3BheyGCMxZL6Q9Oce8Wed

线性聚合
聚合方法：Random Copolymer
单体：
NVP SMILES：O=C1N(CCC1)C([星号])C[星号]；重复数目6
VAc SMIKLES：CC(OC([星号])C[星号])=O；重复数目5

Checker返回的报错提示是：Failed to run notebook 2_Polymer_chg_and_Polymer_creation_Linear_polymer.ipynb: Connection to 10.158.157.58 closed.

如您能抽空回答，十分感谢！

elpa · 发表于 Post on 2026-8-10 21:36:29

请教一下，如果聚合物的链很长，那么计算RESP电荷是不是很费劲

sobereva · 发表于 Post on 2026-8-11 02:08:17

elpa 发表于 2026-8-10 21:36
请教一下，如果聚合物的链很长，那么计算RESP电荷是不是很费劲

看具体多长。有个像样服务器，Multiwfn算几百原子的RESP电荷没有压力，下文说了，能够等足够长时间算到大几百也没问题。
Multiwfn使用的高效的静电势算法的介绍文章已于PCCP期刊发表！
http://sobereva.com/614（http://bbs.keinsci.com/thread-24940-1-1.html）

实在算不动的情况还可以用Multiwfn瞬间得到EEM电荷（Multiwfn手册4.7.5节），结合默认的向B3LYP/6-31G*下的CHELPG原子电荷拟合的EEM参数，结果也不比RESP差太多。

更何况还可以按下文示例的计算重复单元的RESP电荷拼接成整个链的原子电荷
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

elpa · 发表于 Post on 2026-8-12 00:28:59

sobereva 发表于 2026-8-11 02:08
看具体多长。有个像样服务器，Multiwfn算几百原子的RESP电荷没有压力，下文说了，能够等足够长时间算到大 ...

感谢社长。救命稻草了。竟然凌晨2点

yuzc · 发表于 Post on 7 day ago

elpa 发表于 2026-8-10 21:36
请教一下，如果聚合物的链很长，那么计算RESP电荷是不是很费劲

超长链（数千到数万聚合度，以体现高分子物理中的标度规律）的电荷分配可以参考Radonpy开源项目的方法。

JCenter · 发表于 Post on 7 day ago

这个程序除了构建线性聚合物以外，可以用于构建体型交联的聚合物吗

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