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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 能量最小化报错：原子数量不匹配
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[GROMACS] 能量最小化报错：原子数量不匹配

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moiraaa

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发表于 Post on 2025-8-18 13:36:45 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model
各位老师好，想请教一个问题，我是先用packmol生成一个盒子，里面是20个MB和5个水凝胶，然后用LigParGen在OPLS-AA力场上用生成的MB和水凝胶的itp文件,我数了top文件是1200个原子而盒子的gro文件是1185，但是我不知道为什么数量不相符，同时还有一个问题，我看我的盒子的gro文件和top文件的原子顺序不相符，但是我不知道怎么调整。本人新手小白，恳请各位老师多多指教

202508181327117765..png (38.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

202508181327117765..png

hezi.inp

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MOL_AB451F.itp

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UNK_AB2F3F.itp

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topol.top

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pal

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发表于 Post on 2025-8-18 16:55:13 | 只看该作者 Only view this author
检查一下packmol用的结构文件和生成立场用的结构文件是否对应（原子排序和原子数目）
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moiraaa

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-8-18 18:09:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 moiraaa 于 2025-8-18 18:10 编辑
pal 发表于 2025-8-18 16:55
检查一下packmol用的结构文件和生成立场用的结构文件是否对应（原子排序和原子数目）

我找到了缺失的原子，我的每一个水凝胶都比top缺失3个原子，但是又没有办法修改盒子的gro文件，没有坐标
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