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[GROMACS] 含有铜离子的蛋白质和含有Zn离子的蛋白质进行蛋白配体的动力学模拟时的力场问题

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本帖最后由 志同道合 于 2025-8-31 17:56 编辑

我想要做蛋白-配体的分子动力学模拟,我的其中一个蛋白质里面含有两个Cu离子,另一个蛋白质里面含有两个锌离子,蛋白质我想要选用的是charmm36力场。请问可以进行分子动力学模拟吗?选用该力场时我的Cu离子和ZN离子应该怎么解决呢?

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发表于 Post on 2025-8-31 22:14:08 | 只看该作者 Only view this author
可以看看这个帖子,也许有帮助
http://bbs.keinsci.com/thread-26531-1-1.html

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3#
发表于 Post on 2025-9-1 00:06:56 | 只看该作者 Only view this author
力场中已经有相关离子的文件,一般直接使用就足够。
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发表于 Post on 2025-9-1 07:19:10 | 只看该作者 Only view this author
用AMBER14SB或19SB,力场目录下的ions.itp自带了Zn2+的定义;离子部分也可以改用与之完全兼容的Merz的离子力场,Zn2+和Cu+都定义了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-3 22:11:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 志同道合 于 2025-9-5 16:42 编辑
sobereva 发表于 2025-9-1 07:19
用AMBER14SB或19SB,力场目录下的ions.itp自带了Zn2+的定义;离子部分也可以改用与之完全兼容的Merz的离子 ...

老师我用了AMBER19SB力场,力场目录下的ions.itp也添加了了Cu2+的定义,为什么还是会报错呢?应该怎么解决这个问题呢?我怀疑时rtp文件中没有Cu的定义的问题,可是该怎么解决呢?

屏幕截图 2025-09-03 220704.png (32.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

屏幕截图 2025-09-03 220704.png

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发表于 Post on 2025-9-4 00:25:04 | 只看该作者 Only view this author
志同道合 发表于 2025-9-3 22:11
老师我用了AMBER19SB力场,力场目录下的ions.itp也添加了了Cu2+的定义,为什么还是会报错呢?应该怎么解决 ...

确保体系拓朴有include 正确的ions.itp。
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发表于 Post on 2025-9-4 01:41:04 | 只看该作者 Only view this author
我不知道你做的是否是酪氨酸酶这个蛋白,如果是的话,需要基于sobtop去生成铜离子与周围N原子配位键的参数,然后添加配位键才能正常做下去,否则即使你做出来了,铜离子会乱飞,那就是氯化铜溶液了。

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发表于 Post on 2025-9-4 07:40:20 | 只看该作者 Only view this author
志同道合 发表于 2025-9-3 22:11
老师我用了AMBER19SB力场,力场目录下的ions.itp也添加了了Cu2+的定义,为什么还是会报错呢?应该怎么解决 ...

上传图片方式不对,仔细看置顶的社员必读贴了解怎么正确上传图片
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-4 10:11:07 | 只看该作者 Only view this author
tptp 发表于 2025-9-4 01:41
我不知道你做的是否是酪氨酸酶这个蛋白,如果是的话,需要基于sobtop去生成铜离子与周围N原子配位键的参数 ...

是的,请问用sobtop具体应该怎么操作呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-9-4 11:05:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-9-4 07:40
上传图片方式不对,仔细看置顶的社员必读贴了解怎么正确上传图片

老师我已经把图片按照正确的方式成功上传了

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发表于 Post on 2025-9-4 13:09:05 | 只看该作者 Only view this author
志同道合 发表于 2025-9-4 10:11
是的,请问用sobtop具体应该怎么操作呢?

http://sobereva.com/635,这个

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