构建分子体系球形颗粒，边界部分分子断裂如何解决？

悲观的乐观者 · 发表于 Post on 2025-9-2 13:30:49

各位老师，我看文献上面，别人构建了CL-20球形颗粒，自己也想要构建CL-20的球形颗粒。目前我的初步尝试是先对CL-20的晶胞进行扩胞，然后进行利用lammps进行模型的切割，得到了5nm的球形颗粒，但是这种情况会导致边界部分存在不完整分子，请问各位老师有没有什么好方法呢？

baoluyao · 发表于 Post on 2025-9-14 14:23:49

你首先应该描述清楚CL是个啥。我只能猜了，假设晶胞是由几个分子构成的，而你想扩胞后在删除的时候将完整的分子进行删除，那么你可以先将晶胞转为full格式的data文件，然后手动将data文件中每个分子都分配一个唯一的mol id，然后用修改后的data文件扩胞，然后删除，删除时delete_atoms命令加上mol yes，就可以将整个分子删除了

悲观的乐观者 · 发表于 Post on 2025-9-29 14:14:24

baoluyao 发表于 2025-9-14 14:23
你首先应该描述清楚CL是个啥。我只能猜了，假设晶胞是由几个分子构成的，而你想扩胞后在删除的时候将完整的 ...

嗯嗯，谢谢您的回复！CL-20晶胞是由四个单独的CL-20分子构成的，我目前采用了MS去构建，可以很好的避免上述的情况

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